Saltar al contenido principal
Library homepage
 
LibreTexts Español

9.8: Ejercicio 3 - Uso de BLASTP

  • Page ID
    53959
  • \( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)\(\newcommand{\AA}{\unicode[.8,0]{x212B}}\)

    1. Dirija su navegador al NCBI BLAST (http://blast.ncbi.nlm.nih.gov). Elija Protein BLAST.
    2. Ingresa el número NP_ para la proteína de S. cerevisiae (Capítulo 5) que tu grupo esté estudiando.
    3. Elija los registros que se buscarán. Para la base de datos, seleccione proteínas de referencia. Para el

      organismo, tipo Schizosaccharomyces pombe. (Esto es taxid 4896 de la caja desplegable.)

    4. Expanda los parámetros del algoritmo en la parte inferior de la página. Utilizaremos los valores predeterminados para el tamaño de la palabra (= 3), el valor umbral (= 10) y una penalización por gap (= 11). La búsqueda podría hacerse

      más estricto al aumentar el tamaño de la palabra, el valor umbral o la penalización por brecha. La búsqueda podría

      ser menos estrictos al disminuir estos valores.

    5. Haga clic en BLAST y espere a que aparezcan los resultados.
    6. Analiza la página de resultados:
    • El resumen gráfico en la parte superior te da una visión general instantánea sobre la extensión y la fuerza del partido con las secuencias de S. pombe. Los colores se utilizan para distinguir alineaciones con diferentes rangos de puntuaciones de bits. La línea superior representa una coincidencia entre la proteína Metp de S. cerevisiae y su ortólogo de S. pombe más cercano. Puede haber coincidencias más cortas y menos significativas con otras secuencias proteicas de S. pombe.
    • En la tabla resumida se proporcionan los datos numéricos. Es probable que los partidos con un valor E de 1E-10 o menos y puntuaciones totales superiores a 100 sean significativas.
    • Cursor hacia abajo para ver la alineación real entre las secuencias. Se han introducido guiones en la secuencia de S. cerevisiae o S. pombe donde las brechas interrumpen las alineaciones. La fila central resume la homología entre las secuencias proteicas. Si se conserva un aminoácido entre las dos especies, se muestra su código de 1 letra. Los signos más indican sustituciones conservadoras, es decir, sustituciones con valores BLOSUM de 1 o más.
    • Da click en el enlace al registro NP_ del ortólogo de S. pombe. Encuentra el número EC. ¿El número EC de la proteína de S. pombe es el mismo que su ortólogo de S. cerevisiae? Si es así, las dos proteínas catalizan la misma reacción.

    9.8: Ejercicio 3 - Uso de BLASTP is shared under a not declared license and was authored, remixed, and/or curated by LibreTexts.