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3.1: ¿Qué hemos aprendido?

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    54231
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    En esta sección exploramos algoritmos de alineación más allá de la alineación global. Comenzamos revisando nuestro uso de la programación dinámica para resolver problemas de alineación global usando el algoritmo Needleman-Wunsch. Luego exploramos alternativas de alineaciones locales (Smith-Waterman) y semi-globales. Luego discutimos el uso de la función hash para hacer coincidir cadenas exactas en tiempo lineal (Karp-Rabin) así como hacer una búsqueda de vecindario, investigando secuencias similares en tiempo lineal probabilístico (principio de encasillado, peines, explosión de 2 golpes, proyecciones aleatorias). También hemos abordado el uso del preprocesamiento para la coincidencia lineal de cadenas de tiempo, así como el fondo probabilístico para la alineación de secuencias.


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