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26.5: Posibles cuestiones teóricas y prácticas con enfoque discutido

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    Se debe hacer un punto especial sobre las distancias. Dado que las distancias se calculan típicamente entre secuencias génicas alineadas, la mayoría de los métodos actuales de reconstrucción de árboles se basan en genes muy conservados, ya que los genes no conservados no darían información sobre especies sin esos genes. Esto provoca la ignorancia de datos que por lo demás serían útiles. Por lo tanto, hay algunos algoritmos que intentan tomar en cuenta genes menos conservados en la reconstrucción de árboles pero estos algoritmos tienden a llevar mucho tiempo debido a la naturaleza NP-dura de reconstruir árboles.

    Adicionalmente, las secuencias alineadas aún no son explícitas en lo que respecta a los eventos que las crearon. Es decir, las combinaciones de eventos de especiación, duplicación, pérdida y transferencia génica horizontal (hgt) son fáciles de mezclar porque solo están disponibles las secuencias de ADN actuales. (véase [11] para un comentario sobre tales cuestiones teóricas) Una duplicación seguida de una pérdida sería muy difícil de detectar. Además, una duplicación seguida de una especiación podría parecerse a un evento HGT. Incluso las probabilidades de que ocurran eventos siguen siendo cuestionadas, especialmente los eventos de transferencia de genes horizontales.

    Otro problema es que a menudo se concatenan múltiples secuencias marcadoras y la secuencia concatenada se usa para calcular la distancia y crear árboles. Sin embargo, este enfoque asume que todos los genes concatenados tenían la misma historia y existe debate sobre si este es un enfoque válido dado que eventos como hgt y duplicaciones como se describió anteriormente podrían haber ocurrido de manera diferente para diferentes genes. [8] es un artículo que muestra cómo diferentes filogenéticos se encontraron relaciones dependiendo de si el árbol fue creado usando múltiples genes concatenados juntos o si fue creado usando cada uno de los genes individuales. Por el contrario, [4] adicional afirma que si bien la hgt es prevalente, los ortólogos utilizados para la reconstrucción filogenética son consistentes con un solo árbol de la vida. Estos dos temas indican que existe un claro debate en el campo sobre una manera no arbitraria de definir especies e inferir relaciones filogenéticas para recrear el árbol de la vida.


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