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26.6: Hacia el proyecto final

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    Ideas de Proyectos

    1. Crear mejores modelos de distancia como tomar en cuenta genes duplicados o pérdida de genes. También puede ser posible analizar secuencias para regiones codificantes de péptidos y calcular distancias basándose también en cadenas peptídicas.

    2. Crear un algoritmo de búsqueda más rápido/más preciso para convertir distancias en árboles.

    3. Analizar secuencias para calcular probabilidades de especiación, duplicación, pérdida y eventos de transferencia genética horizontal.

    4. Ampliar un algoritmo que busca HGT para buscar especies extintas. Un posible uso para los HGT es que si un programa fuera a inferir HGT entre diferentes momentos, podría significar que había una especiación donde una rama está ahora extinguida (o aún no descubierta) y esa rama había causado un HGT a la otra rama existente.

    Conjuntos de datos del proyecto

    1. 1000 Genomas Proyecto http://www.1000genomes.org/

    2. Microbes en línea http://microbesonline.org/

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