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9.6: Modelado de más de un carácter discreto a la vez

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    Es extremadamente común tener conjuntos de datos con más de un carácter discreto; de hecho, se podría argumentar que los conjuntos de datos discretos multivariados son la piedra angular de la sistemática. Hoy en día, los conjuntos de datos discretos multivariados más comunes están compuestos por datos genéticos/genómicos. Sin embargo, los fundamentos de la biología comparada filogenética moderna fueron establecidos por Hennig (1966) y los otros cladistas tempranos, quienes elaboraron métodos para utilizar datos de caracteres discretos para obtener árboles filogenéticos que muestren la historia evolutiva de los clados.

    Casi todos los métodos de reconstrucción filogenética que utilizan caracteres discretos como datos hacen una suposición clave: que cada uno de estos personajes evoluciona independientemente unos de otros. Matemáticamente, se calcula la probabilidad para cada carácter individual, luego se multiplica esta probabilidad (o, de manera equivalente, se agrega la verosimilitud logarítmica) a través de todos los caracteres para obtener la probabilidad de los datos.

    El supuesto de independencia de carácter claramente no es cierto en general. En el caso de los caracteres morfológicos, las estructuras a menudo interactúan entre sí para determinar la aptitud de un individuo, y parece muy probable que esas estructuras no sean independientes. De hecho, algunas veces nos interesa específicamente si conjuntos particulares de personajes evolucionan o no de manera independiente o no. Los métodos que asumen la independencia de carácter a priori no son útiles para ese tipo de marco.

    Felsenstein (1985) tuvo un enorme impacto en el campo de la biología evolutiva con un argumento estadístico sobre las especies: las especies no pueden considerarse puntos de datos independientes porque comparten una historia evolutiva. Las especies que están más estrechamente relacionadas entre sí covariarán, simplemente por esa historia compartida. Hoy en día, no se puede publicar un artículo en biología comparada sin tener en cuenta directamente la no independencia de las especies que evolucionan sobre un árbol. Sin embargo, sigue siendo muy común ignorar la no independencia de los personajes, ¡incluso cuando ocurren juntos en el mismo organismo! Seguramente la historia de desarrollo compartida de dos personajes dentro de un cuerpo comúnmente conduce a correlaciones entre estos personajes.


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