26.6: Hacia el proyecto final
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Ideas de Proyectos
- Crear mejores modelos de distancia como tomar en cuenta genes duplicados o pérdida de genes. También puede ser posible analizar secuencias para regiones codificantes de péptidos y calcular distancias basándose también en cadenas peptídicas.
- Crear un algoritmo de búsqueda más rápido/más preciso para convertir distancias en árboles.
- Analizar secuencias para calcular probabilidades de especiación, duplicación, pérdida y eventos de transferencia genética horizontal.
- Ampliar un algoritmo que busca HGT para buscar especies extintas. Un posible uso para los HGT es que si un programa fuera a inferir HGT entre diferentes momentos, podría significar que había una especiación donde una rama está ahora extinguida (o aún no descubierta) y esa rama había causado un HGT a la otra rama existente.
Conjuntos de datos del proyecto
1. 1000 Genomas Proyecto http://www.1000genomes.org/
2. Microbes en línea http://microbesonline.org/