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D: Taxonomía de microorganismos clínicamente relevantes

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    54837
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    Patógenos Bacterianos

    En las siguientes tablas se enumeran las especies, y algunos grupos superiores, de Eubacterias patógenas mencionadas en el texto. La clasificación de Bacterias, uno de los tres dominios de la vida, está en constante cambio a medida que las relaciones se vuelven más claras a través del muestreo de secuencias genéticas. Muchos grupos en todos los niveles taxonómicos aún tienen una relación indeterminada con otros miembros del árbol filogenético de Bacterias. El Manual de Sistemática de Arqueas y Bacterias de Bergey mantiene una lista publicada y descripciones de especies procariotas. Las tablas aquí siguen la organización taxonómica en el Esquema Taxonómico Manual de Bergey. 1

    Hemos dividido las especies en tablas correspondientes a diferentes filos bacterianos. El rango taxonómico de reino no se utiliza en la taxonomía procariota, por lo que los filos son el subagrupamiento por debajo del dominio. Tenga en cuenta que muchos filos bacterianos no representados por estas tablas. Las especies y géneros se enumeran solo bajo la clase dentro de cada filo. Los nombres que se le dan a las bacterias están regulados por el Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias tal como lo mantiene el Comité Internacional de Sistemática o Procariotas.

    Cuadro\(\PageIndex{1}\): Phylum Actinobacteria
    Clase Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Actinobacterias Corynebacterium difterias Difteria
    Gardnerella vaginalis Vaginosis bacteriana
    Micrococos   Infecciones oportunistas
    Mycobacterium bovis Tuberculosis, principalmente en bovinos
    Mycobacterium leprae Enfermedad de Hansen
    Mycobacterium tuberculosis Tuberculosis
    Propionibacterium acnes Acné, blefaritis, endoftalmitis

     

    Tabla\(\PageIndex{2}\): Phylum Bacteroidetes
    Clase Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Bacteroidia Porfiromonas   Enfermedad periodontal
    Prevotella intermedia Enfermedad periodontal

     

    Tabla\(\PageIndex{3}\): Phylum Chlamydiae
    Clase Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Clamidias Clamidia psittaci Psitacosis
    Clamidia trachomatis Clamidia de transmisión sexual

     

    Tabla\(\PageIndex{4}\): Phylum Firmicutes
    Clase Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Bacilos Bacillus antracita Ántrax
    Bacillus cereus Intoxicación alimentaria diarreica y emética
    Listeria monocitogenes Listeriosis
    Enterococcus fecalis Endocarditis, septicemia, infecciones urinarias, meningitis
    Staphylococcus aureus Infecciones cutáneas, sinusitis, intoxicación alimentaria
    Staphylococcus epidermidis Infecciones nosocomiales y oportunistas
    Staphylococcus hominis Infecciones oportunistas
    Staphylococcus saprophyticus Infecciones del tracto urinario
    Streptococcus agalactiae Infección posparto, sepsis neonatal
    Streptococcus mutanes Caries
    Streptococcus neumonías Neumonía, muchas otras infecciones
    Streptococcus piogenes Faringitis, escarlatina, impétigo, fasciittis necrosante
    Clostridia Clostridium botulinum Intoxicación botulínica
    Clostridium difficile Colitis
    Clostridium perfringens Intoxicación alimentaria, gangrena gaseosa
    Clostridium tetani Tétanos

     

    Tabla\(\PageIndex{5}\): Phylum Fusobacteria
    Clase Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Fusobacteriia Fusobacterium   Enfermedad periodontal, síndrome de Lemierre, úlceras cutáneas
    Streptobacillus moniliformis Fiebre por picadura de rata

     

    Tabla\(\PageIndex{6}\): Proteobacterias del filo
    Clase Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Alfaproteobacterias Anaplasma fagocytophilum Anaplasmosis granulocítica humana
    Bartonella henselae Peliosis hepatitis, angiomatosis bacilar, endocarditis, bacteriemia
    Bartonella quintana Fiebre trinchera
    Brucella melitensis Brucelosis ovina
    Ehrlichia chaffeensis Ehrlichiosis monocítica humana
    Rickettsia prowazekii Tifus epidémico
    Rickettsia rickettsii Fiebre manchada de las montañas
    Rickettsia typhi Tifus murino
    Betaproteobacterias Bordetella tos ferina Tos ferina
    Eikenella   Infecciones por mordedura
    Neisseria gonorrea Gonorrea
    Neisseria meningitidis Meningitis
    Spirillum menos (alt. menor) Sodoku (fiebre por mordedura de rata)
    Epsilonproteobacterias Campylobacter jejuni Gastroenteritis, síndrome de Guillain-Barré
    Helicobacter pylori Úlceras gástricas
    Gammaproteobacterias Aeromonas hidrofila Gastroenteritis disentérica
    Coxiella burnetii Fiebre Q
    Enterobacter   Infecciones urinarias y respiratorias
    Escherichia Coli
    Cepas: productora de toxina
    shiga (STEC) (por ejemplo, O157:H7) también llamada E. coli enterohemorrágica (EHEC) o E. coli productora de verocitotoxina (VTEC)
    Brotes de diarrea transmitida por alimentos, colitis hemorrágica, síndrome hemolítico-urémico
    Escherichia Coli
    Cepa: E. coli
    enterotoxigénica (ETEC)
    Diarrea del viajero
    Escherichia Coli
    Cepa: E. coli
    enteropatogénica (EPEC)
    Diarrea, especialmente en niños pequeños
    Escherichia Coli
    Cepa: E. coli
    enteroagregativa (EAEC)
    Enfermedad diarreica en niños y viajeros
    Escherichia Coli
    Cepa: E. coli
    difusamente adherente (DAEC)
    Enfermedad diarreica de niños
    Escherichia Coli
    Cepa: E. coli
    enteroinvasiva (EPEC)
    Disentería bacilar, células invaden células epiteliales intestinales
    Francisella tularensis Tularemia
    Haemophilus ducreyi Chancroide
    Haemophilus influenzae Bacteriemia, neumonía, meningitis
    Klebsiella neumonías Neumonía, infecciones nosocomiales
    Legionella neumophila Enfermedad del legionario
    Moraxella catarrhalis Otitis media, bronquitis, sinusitis, laringitis, neumonía
    Pasteurella   Pasteurelosis
    Plesiomonas shigelloides Gastroenteritis
    Proteus   Infecciones oportunistas del tracto urinario
    Pseudomonas aeruginosa Neumonía oportunista, nosocomial y sepsis
    Salmonella bongori Salmonelosis
    Salmonella enterica Salmonelosis
    Serratia   Neumonía, infecciones del tracto urinario
    Shigella boydii Disentería
    Shigella disentias Disentería
    Shigella flexneri Disentería
    Shigella sonnei Disentería
    Vibrio cólera Cólera
    Vibrio parahemolyticus Gastroenteritis de mariscos
    Vibrio vulnificus Gastroenteritis por mariscos, infecciones de heridas necrotizantes, septicemia
    Yersinia enterocolítica Yersiniosis
    Yersinia pestis Plaga
    Yersinia pseudotuberculosis Fiebre escarlata del Lejano Oriente

     

    Tabla\(\PageIndex{7}\): Espiroquetas de filo
    Clase Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Spiroqueetia Borrelia burgdorferi Enfermedad de Lyme
    Borrelia hermsii Fiebre recidivante transmitida por garrapatas
    Borrelia recurrentis Fiebre recidivante transmitida por piojos
    Leptospira interrogans Leptospirosis
    Treponema palidum Sífilis, bejel, pinta, guiño

     

    Tabla\(\PageIndex{8}\): Phylum Tenericutes
    Clase Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Mollicutes Mycoplasma genitalium Uretritis, cervicitis
    Mycoplasma hominis Enfermedad inflamatoria pélvica, vaginosis bacteriana
    Mycoplasma neumonías Neumonía por micoplasma
    Ureaplasma urealyticum Uretritis, infecciones fetales

    Patógenos Virales

    Existen varios sistemas de clasificación para virus. El Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV) es el organismo científico internacional responsable de las reglas de clasificación viral. El sistema ICTV utilizado aquí agrupa virus basados en similitud genética y presunta monofilia. El sistema de clasificación viral es independiente del sistema de clasificación para organismos celulares. El sistema ICTV agrupa virus dentro de siete órdenes, los cuales contienen familias relacionadas. Actualmente hay un gran número de familias no asignadas con afinidades desconocidas a los siete órdenes. Tres de estos órdenes infectan solo a Eubacteria, Archaea o plantas y no aparecen en esta tabla. Algunas familias pueden dividirse en subfamilias. También hay muchos géneros no asignados. Como todas las taxonomías, la taxonomía viral está en constante cambio. La última lista completa de especies y clasificación se puede obtener en el sitio web de ICTV. 2

    Una tabla titulada “Patógenos virales” da información sobre el orden, familia, subfamilia, género, especie y enfermedades relacionadas. Para el orden Herpesvirales, familia herpesviridae, subfamilia betaherpesvirinae, género grupo citomegalovirus humano, especie herpesvirus humano 5, la enfermedad relacionada es la hepatitis por citomegalovirus y otras infecciones en personas inmunodeprimidas. Para el orden herpesvirales, familia herpesviridae, subfamilia gammaherpesvirinae, género linfocriptovirus, especie herpesvirus humano 4 (HHV-4; virus de Epstein-Barr), la enfermedad relacionada es la mononucleosis infecciosa. Para el orden Herpesvirales, familia herpesviridae, subfamilia alphaherpesvirinae, género simplexvirus, especie herpesvirus humano 1, herpesvirus humano 2, las enfermedades relacionadas son virus herpes simple 1, virus herpes simple 2. Por orden herpesvirales, familia herpesviridae, subfamilia alphaherpesvirinae, género varicellovirus, especie herpesvirus humano 3, las enfermedades relacionadas varicela, culebrilla. Para el orden mononegavirales, familia filoviridae, subfamilia alphaherpesvirinae, género ebolavirus, especie zaire ebolavirus (EBOV), la enfermedad relacionada es Ébola. Para el orden mononegavirales, familia filoviridae, género marburgvirus, especies Marburg marburgvirus (MARV), la enfermedad relacionada es la enfermedad por el virus de Marburgo. Para el orden mononegavirales, familia rhabdoviridae, género lyssavirus, especie virus de la rabia, la enfermedad relacionada es la rabia. Para el orden mononegavirales, familia paramyxoviridae, subfamilia pneumovirinae, género pneumovirus, especie virus sincitial respiratorio humano, la enfermedad relacionada es la infección del tracto respiratorio inferior. Para el orden mononegavirales, familia paramyxoviridae, subfamilia paramyxovirinae, género morbillivirus, especie virus del sarampión, la enfermedad relacionada es el sarampión (rubeola). Para el orden Nidovirales, familia coronaviridae, subfamilia coronavirinae, género coronavirus, las enfermedades relacionadas son resfriado común, neumonía, SARS. Para el orden picornavirales, familia picornaviridae, género hepatovirus, especie virus de la hepatitis A, la enfermedad relacionada es la hepatitis A. Para el orden picornavirales, familia picornaviridae, género enterovirus, especie enterovirus C, la enfermedad relacionada es la polio. Para el orden picornavirales, familia picornaviridae, género enterovirus, especie rinovirus A, la enfermedad relacionada es el resfriado común. Para el orden picornavirales, familia picornaviridae, género enterovirus, especie rinovirus B, la enfermedad relacionada es el resfriado común. Para el orden picornavirales, familia picornaviridae, género enterovirus, especie rinovirus C, la enfermedad relacionada es el resfriado común. Las entradas restantes en esta tabla no están asignadas en la categoría de orden. En la familia adenovirus, género mastadenovirus, las enfermedades relacionadas son infecciones respiratorias y otras infecciones. En la familia arenaviridae, género mammarenavirus, especie lassa mammarenavirus, la enfermedad relacionada es la fiebre de Lassa. Para la familia astroviridae, la enfermedad relacionada es la gastroenteritis. Para la familia bunyaviridae, género hantavirus, especies varias especies, las enfermedades relacionadas son fiebre hemorrágica por hantavirus con síndrome renal (HFRS), síndrome pulmonar por hantavirus (HPS). Para la familia Bunyaviridae, género nairovirus, especie Crimea-Congo virus de la fiebre hemorrágica (CCHF), la enfermedad relacionada es la fiebre hemorrágica de Crimea-Congo. Para la familia caliciviridae, género norovirus, especie virus Norwalk, la enfermedad relacionada es la gastroenteritis.
    Figura\(\PageIndex{1}\)
    Una tabla titulada “Patógenos virales (continuación)” da información sobre el orden, familia, subfamilia, género, especie y enfermedades relacionadas.Todas las entradas de esta tabla no están asignadas en la categoría de orden. Para la familia flaviviriadae, género flavivirus, especie virus del dengue, la enfermedad relacionada es el dengue. Para la familia flaviviriadae, género flavivirus, especie Virus de la fiebre amarilla, la enfermedad relacionada es la fiebre amarilla. En la familia flaviviriadae, género hepacivirus, especie virus de la hepatitis c, la enfermedad relacionada es la hepatitis C. Para la familia hepadnaviridae, género orthohepadnavirus, especie virus de la hepatitis B, la enfermedad relacionada es la hepatitis B. Para la familia Hepeviridae, género orthohepevirus, especie virus de la hepatitis E, la la enfermedad relacionada es la hepatitis E. Para la familia orthomyxoviridae, género influenzavirus A, especie influenza virus A, la enfermedad relacionada es la gripe pandémica. Para la familia orthomyxoviridae, género influenzavirus B, especie influenza virus B, la enfermedad relacionada es la Gripe. Para la familia orthomyxoviridae, género influenzavirus C, especie influenza virus C, la enfermedad relacionada es la Gripe. Para la familia papillomaviridae, género alphapillomavirus, especie virus del papiloma humano, la enfermedad relacionada son las verrugas cutáneas. Para la familia parvoviridae, subfamilia parvovirinae, género eritroparvovirus, especie parvovirus humano B 19, la enfermedad relacionada es la quinta enfermedad (eritema infeccioso). Para la familia poxviridae, subfamilia chordopoxvirinae, género ortopoxvirus, especie virus de la variola, las enfermedades relacionadas son variola mayor, variola menor (viruela). Para la familia poxviridae, subfamilia chordopoxvirinae, género ortopoxvirus, especie virus vaccinia, la enfermedad relacionada es la viruela bovina. Para la familia reoviridae, subfamilia sedoreovirinae, género rotavirus, especie ocho especies, la enfermedad relacionada es la gastroenteritis. Para la familia retroviridae, subfamilia ortoretrovirinae, género lentivirus, especie virus de la inmunodeficiencia humana, la enfermedad relacionada es el SIDA. Para la familia togaviridae, género alfavirus, especie virus chikungunya (CHIKV), la enfermedad relacionada es Chikungunya. Para la familia togaviridae, género rubivirus, especie virus de la rubéola, la enfermedad relacionada es Rubéola (sarampión alemán). Para un orden no asignado, género deltavirus, especie virus de la hepatitis D, la enfermedad relacionada es la hepatitis D.
    Figura\(\PageIndex{2}\)

    Patógenos fúngicos

    Los Hongos son uno de los reinos del dominio Eukarya. Los hongos están más estrechamente relacionados con los animales y algunos otros grupos pequeños y más distantemente relacionados con las plantas y otros grupos que anteriormente fueron categorizados como protistas. En la actualidad, los Hongos se dividen en siete filos (o divisiones, una retención de cuando los hongos se estudiaron con plantas), pero hay incertidumbres sobre algunas relaciones. 3 Muchos grupos de hongos, particularmente los que antes se clasificaban en el filo Zygomycota, que no era monofilético, tienen relaciones inciertas con los otros hongos. La única especie listada en esta tabla que entra en esta categoría es Rhizopus arrhizus. Los nombres de hongos se rigen por el Código Internacional de Nomenclatura para Algas, Hongos y Plantas, 4 pero la Comisión Internacional de Taxonomía de Hongos (ICTF) también promueve el trabajo taxonómico sobre hongos. Una actividad de la ICTF es dar a conocer cambios de nombre para especies fúngicas médicamente y de otra manera importantes. Muchas especies que antes tenían dos nombres (uno para la forma sexual y otro para la forma asexual) ahora se están reuniendo bajo un solo nombre.

    Tabla\(\PageIndex{9}\): Patógenos fúngicos
    División Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Ascomycota Aspergillus flavus Aspergilosis oportunista
    Aspergillus fumigatus Aspergilosis oportunista
    Blastomyces dermatitidis Blastomicosis
    Candida albicans Zorzal (candidiasis)
    Coccidioides immitis Fiebre del valle (coccidioidomicosis)
    Epidermophyton   Tinea corporis (tiña), tiña cruris (tiña inguinal), tiña pedis (pie de althlete), tiña unguium (onicomicosis)
    Histoplasma capsulatum Histoplasmosis
    Microsporum   Tinea capitis (tiña), tiña del cuerpo (tiña), otras dermatofitos
    Pneumocystis jirovecii Neumonía oportunista
    Sporothrix schenckii Esporotricosis (enfermedad del manipulador de rosas)
    Trichophyton mentagrophytes var. interdigitale Tinea barbae (picor de barbero), dermatofitos
    Trichophyton rubrum Tinea corporis (tiña), tiña cruris (tiña inguinal), tiña pedis (pie de althlete), tiña unguium (onicomicosis)
    Basidiomycota Cryptococcus neoformanos Criptococosis oportunista, meningitis fúngica, encefalitis
    Malassezia   Caspa, tiña versicolor
    incierto Rhizopus arrhizus Mucormicosis

    Patógenos protozoarios

    Las relaciones entre los organismos (y por lo tanto su taxonomía) previamente agrupados bajo el nombre de Protistas se entienden mejor que hace dos o tres décadas, pero esto sigue siendo un trabajo en progreso. En 2005, los Eukarya se dividieron en seis supergrupos. 5 La última clasificación de alto nivel combinó dos de los supergrupos anteriores para producir un sistema que comprendía cinco supergrupos. 6 Esta clasificación fue desarrollada para la Sociedad de Protozoólogos, pero no es el único enfoque sugerido. Uno de los cinco supergrupos incluye animales, hongos y algunos grupos protistas más pequeños. Otro contiene plantas verdes y tres grupos de algas. Los otros tres supergrupos (enumerados en las tres tablas siguientes) contienen a los otros protistas, muchos de ellos que causan enfermedades. Además, existe un gran número de grupos protistas cuyas relaciones no se entienden. En los tres supergrupos aquí representados hemos indicado el filo al que pertenecen los patógenos enumerados.

    Tabla\(\PageIndex{10}\): Supergrupo Amoebozoa
    Phylum Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Amoebozoa Acanthamoeba   Encefalitis amebiana granulomatosa, queratitis acantamebiana
    Entamoeba histolytica Enterobiasis

     

    Tabla\(\PageIndex{11}\): Supergrupo SAR (Stramenopiles, Alveolata, Rhizaria)
    Phylum Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Apicomplexa Babesia   Babesiosis
    Criptosporidium hominis Criptosporidiosis
    Criptosporidium parvum Criptosporidiosis
    Cyclospora cayetanensis Gastroenteritis
    Plasmodium falciparum Malaria
    Plasmodium malarias Malaria “benigna” o “cuartanana” (fiebre recurrente de 3 días)
    Plasmodium óvale Malaria “Terciana” (fiebre recurrente de 2 días)
    Plasmodium vivax Malaria “benigna” “terciana” (fiebre recurrente de 2 días)
    Plasmodium knowlesi Malaria de primates capaz de zoonosis, fiebre diaria
    Toxoplasma gondii Toxoplasmosis

     

    Tabla\(\PageIndex{12}\): Supergrupo Excavata
    Phylum Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Metamonada Giardia lamblia Giardiasis
    Trichomonas vaginalis Tricomoniasis
    Euglenozoa Leishmania braziliensis Leishmaniasis
    Leishmania donovani Leishmaniasis
    Leishmania tropica Leishmaniasis cutánea
    Tripanosoma brucei Enfermedad africana del sueño (tripanosomiasis africana)
    Tripanosoma cruzi Enfermedad de Chagas
    Percolozoa Naegleria fowleri Meningoencefalitis amebiana primaria (naegleriasis)

    Helmintos parasitarios

    La taxonomía de los gusanos parásitos, todos los cuales pertenecen al reino Animalia, aún contiene muchas incertidumbres. Las especies patógenas se encuentran en dos filos: los nematodos, o lombrices intestinales, y los Platyhelmintos, o gusanos planos. El nematoda se divide tentativamente en dos clases 7, una de las cuales, Chromadorea, probablemente contiene grupos no relacionados. Los gusanos planos parásitos están contenidos dentro de tres clases de gusanos planos, de los cuales dos son importantes para los humanos, los trematodos y los cestodos.

    Tabla\(\PageIndex{13}\): Phylum Nematoda
    Clase Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Chromadorea Ancilostoma canino Infección por anquilostoma
    Ancilostoma duodenal Infección por anquilostomiasis
    Ascaris lumbricoides Ascariasis
    Enterobius vermicularis Enterobiasis (gusano pin)
    Loa loa Filariasis de Loa loa (gusano ocular)
    Necator americanus Necatoriasis (infección por anquilostomas del Nuevo Mundo)
    Strongyloides stercoralis Estrongiloidiasis
    Enoplea Trichinella espiralis Triquinosis
    Trichuris trichiura Trichuriasis (infección por gusano látigo)

     

    Tabla\(\PageIndex{14}\): Filum Platyhelminthes
    Clase Género Especies Enfermedades Relacionadas
    Trematoda Clonorchis sinensis Fluke hepático chino
    Fasciolopsis buski Fasciolopsiasis
    Fasciola gigantica Fascioliasis
    Fasciola hepatica Fascioliasis
    Opisthorchis felino Opistorquiasis
    Opisthorchis viverrini Opistorquiasis
    Esquistosoma Hematobio Esquistosomiasis urinaria
    Esquistosoma japonicum Esquistosomiasis
    Esquistosoma mansoni Esquistosomiasis intestinal
    Cestoda Difilobothrium latum Difilobotriosis
    Echinococcus granuloso Quistes hidatídicos (equinococosis quística)
    Echinococcus multilocularis Equinococosis
    Taenia asiatica Teniasis intestinal
    Taenia saginata Teniasis intestinal
    Taenia solium Teniasis intestinal, cisticercosis

    Notas al pie

    1. 1 Confianza Manual de Bergey. Manual de Sistemática de Arqueas y Bacterias de Bergey, Esquema Taxonómico. 2012. http://www.bergeys.org/outlines.html
    2. 2 Comité Internacional de Taxonomía de Virus. “Lista maestra de especies de ICTV”. http://talk.ictvonline.org/files/ict...l/default.aspx
    3. 3 D. S. Hibbett et al. “Una Clasificación Filogenética de Nivel Superior de los Hongos”. Investigación Micológica 111 núm. 5 (2007) :509—547.
    4. 4 J. McNeill y col. Código Internacional de Nomenclatura para Algas, Hongos y Plantas (Código Melbourne). Oberreifenerg, Alemania. Koeltz Scientific Books; 2012. http://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php?
    5. 5 S.M. Adl et al. “La Nueva Clasificación de Nivel Superior de Eucariotas con Énfasis en la Taxonomía de los Protistas”. Revista de Microbiología Eucariota 52 núm. 5 (2005) :399—451.
    6. 6 S.M. Adl et al. “La Clasificación Revisada de Eucariotas”. Revista de Microbiología Eucariota 59 núm. 5 (2012) :429—514.
    7. 7 Centro Nacional de Información Biotecnológica. “Navegador de taxonomía: Nematoda.” http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy...ax.cgi? id=6231

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