Las especies de este grupo pueden distinguirse de todas las demás bacterias por la presencia de indeles conservados en una serie de proteínas como la subunidad alfa de la ARN polimerasa, la girasa B, ...Las especies de este grupo pueden distinguirse de todas las demás bacterias por la presencia de indeles conservados en una serie de proteínas como la subunidad alfa de la ARN polimerasa, la girasa B, el factor de elongación TU y el factor de elongación P, y por un gran número de proteínas distintivas que están presentes de manera única en diferentes especies de clamidias.
