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- https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biologia_evolutiva_del_desarrollo/M%C3%A9todos_comparativos_filogen%C3%A9ticos_(Harmon)/07%3A_Modelos_de_Evoluci%C3%B3n_de_Car%C3%A1cter_Discreto/7.03%3A_El_modelo_MkUna vez que tenemos esta matriz de tasa de transición, podemos calcular la distribución de probabilidad de los estados de rasgo después de cualquier intervalo de tiempo t usando la ecuación (Lewis 200...Una vez que tenemos esta matriz de tasa de transición, podemos calcular la distribución de probabilidad de los estados de rasgo después de cualquier intervalo de tiempo t usando la ecuación (Lewis 2001): Esta es la distribución estacionaria de los estados de carácter, π, definida como la frecuencia de equilibrio de los estados de carácter si el proceso se ejecuta muchas veces durante un período de tiempo suficientemente largo.
- https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biologia_evolutiva_del_desarrollo/M%C3%A9todos_comparativos_filogen%C3%A9ticos_(Harmon)/09%3A_M%C3%A1s_all%C3%A1_del_modelo_Mk/9.03%3A_%CE%BB%2C_%CE%B4_y_%CE%BA_de_PagelInterpreto esto en el sentido de que, para estos datos, el modelo ARD estándar sin alteraciones es probablemente un ajuste razonable a los datos en comparación con las alternativas estilo Pagel consid...Interpreto esto en el sentido de que, para estos datos, el modelo ARD estándar sin alteraciones es probablemente un ajuste razonable a los datos en comparación con las alternativas estilo Pagel consideradas anteriormente, especialmente dada la complejidad adicional de interpretar las transformaciones de árboles en términos de procesos evolutivos.
- https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biologia_evolutiva_del_desarrollo/M%C3%A9todos_comparativos_filogen%C3%A9ticos_(Harmon)/14%3A_%C2%BFQu%C3%A9_hemos_aprendido_de_los_%C3%A1rboles%3F/14.01%3A_El_LoraxLos métodos comparativos han venido corriendo hacia adelante a una velocidad rompedora para “hablar por los árboles” desde hace más de 20 años. Al mismo tiempo, hemos obtenido más información sobre la...Los métodos comparativos han venido corriendo hacia adelante a una velocidad rompedora para “hablar por los árboles” desde hace más de 20 años. Al mismo tiempo, hemos obtenido más información sobre la forma del árbol de la vida que en cualquier otro momento de la historia del planeta. Entonces, ¿qué hemos aprendido hasta ahora? ¿Y qué podemos aprender para seguir adelante? Quizás lo más importante, ¿cómo podemos superar los límites percibidos y reales de los enfoques comparativos y permitir nuev
- https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biologia_evolutiva_del_desarrollo/M%C3%A9todos_comparativos_filogen%C3%A9ticos_(Harmon)/02%3A_Ajuste_de_modelos_estad%C3%ADsticos_a_datos/2.06%3A_Modelos_y_M%C3%A9todos_ComparativosUn tema en el libro es que enfatizo ajustar modelos a datos y estimar parámetros. Creo que este enfoque es muy útil para el futuro del campo de la estadística comparada por tres razones principales. P...Un tema en el libro es que enfatizo ajustar modelos a datos y estimar parámetros. Creo que este enfoque es muy útil para el futuro del campo de la estadística comparada por tres razones principales. Primero, es flexible; uno puede comparar fácilmente una amplia gama de modelos de la competencia con sus datos. En segundo lugar, es extensible; se pueden crear nuevos modelos y adaptarlos automáticamente a un marco preexistente para el análisis de datos. Por último, es poderosa.
- https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biologia_evolutiva_del_desarrollo/M%C3%A9todos_comparativos_filogen%C3%A9ticos_(Harmon)/02%3A_Ajuste_de_modelos_estad%C3%ADsticos_a_datos/2.05%3A_AIC_versus_BayesCuando comparas factores Bayes, asumes que uno de los modelos que estás considerando es en realidad el verdadero modelo que generó tus datos, y calculas probabilidades posteriores con base en esa supo...Cuando comparas factores Bayes, asumes que uno de los modelos que estás considerando es en realidad el verdadero modelo que generó tus datos, y calculas probabilidades posteriores con base en esa suposición. Por el contrario, AIC asume que la realidad es más compleja que cualquiera de sus modelos, y usted está tratando de identificar el modelo que captura de manera más eficiente la información en sus datos. Entonces, aunque ambas técnicas están llevando a cabo la selección de modelos, la filosof
- https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biologia_evolutiva_del_desarrollo/M%C3%A9todos_comparativos_filogen%C3%A9ticos_(Harmon)/11%3A_Modelos_de_montaje_de_nacimiento-muerteEn este capítulo, describo cómo estimar parámetros a partir de modelos de nacimiento-muerte utilizando datos sobre diversidad de especies y edades, y cómo usar patrones de equilibrio de árboles para p...En este capítulo, describo cómo estimar parámetros a partir de modelos de nacimiento-muerte utilizando datos sobre diversidad de especies y edades, y cómo usar patrones de equilibrio de árboles para probar hipótesis sobre cambios en las tasas de nacimiento y mortalidad. También describo cómo calcular la probabilidad de modelos de nacimiento-muerte en árboles, lo que lleva directamente a métodos ML y bayesianos para estimar las tasas de nacimiento y mortalidad.
- https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biologia_evolutiva_del_desarrollo/M%C3%A9todos_comparativos_filogen%C3%A9ticos_(Harmon)/11%3A_Modelos_de_montaje_de_nacimiento-muerte/11.03%3A_Balance_de_%C3%A1rbolesLos árboles de nacimiento-muerte tienen cierta cantidad de “equilibrio”, tal vez un poco menos de lo que tu intuición podría sugerir. Podemos mirar a árboles reales para ver si la cantidad de saldo co...Los árboles de nacimiento-muerte tienen cierta cantidad de “equilibrio”, tal vez un poco menos de lo que tu intuición podría sugerir. Podemos mirar a árboles reales para ver si la cantidad de saldo coincide con lo que esperamos bajo los modelos de nacimiento-muerte. Un patrón menos equilibrado en árboles reales sugeriría que la tasa de especiación y/o extinción varía entre linajes más de lo que cabría esperar. Por el contrario, árboles más equilibrados sugerirían una diversificación más uniforme
- https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biologia_evolutiva_del_desarrollo/M%C3%A9todos_comparativos_filogen%C3%A9ticos_(Harmon)/14%3A_%C2%BFQu%C3%A9_hemos_aprendido_de_los_%C3%A1rboles%3FLos métodos comparativos ocupan un lugar central en la biología evolutiva. Esto se debe a que las filogenias proporcionan un recuento de los patrones históricos de la evolución y, a su vez, nos dan un...Los métodos comparativos ocupan un lugar central en la biología evolutiva. Esto se debe a que las filogenias proporcionan un recuento de los patrones históricos de la evolución y, a su vez, nos dan una forma natural de medir la dinámica evolutiva a largo plazo. La primera fase de los métodos comparativos se centró fuertemente en la adaptación. Como se discute en este libro, ahora nos hemos diversificado en un amplio número de nuevas áreas, incluyendo diversificación, ecología comunitaria, genéti
- https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biologia_evolutiva_del_desarrollo/M%C3%A9todos_comparativos_filogen%C3%A9ticos_(Harmon)/11%3A_Modelos_de_montaje_de_nacimiento-muerte/11.04%3A_Ajuste_de_modelos_de_nacimiento-muerte_a_tiempos_de_ramificaci%C3%B3nLa mayoría de los enfoques modernos para ajustar modelos de nacimiento y muerte a árboles filogenéticos utilizan los intervalos entre eventos de especiación en un árbol, los “tiempos de espera” entre ...La mayoría de los enfoques modernos para ajustar modelos de nacimiento y muerte a árboles filogenéticos utilizan los intervalos entre eventos de especiación en un árbol, los “tiempos de espera” entre especiaciones sucesivas, para estimar los parámetros de los modelos de nacimiento y muerte. Con frecuencia, la información sobre el patrón de acumulación de especies en un árbol filogenético se resume mediante una parcela de linaje a través del tiempo (LTT), que es una gráfica del número de linajes
- https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biologia_evolutiva_del_desarrollo/M%C3%A9todos_comparativos_filogen%C3%A9ticos_(Harmon)/14%3A_%C2%BFQu%C3%A9_hemos_aprendido_de_los_%C3%A1rboles%3F/14.04%3A_Una_pista_sobre_el_futuro_de_los_m%C3%A9todos_comparativosEs un riesgo predecir el progreso futuro de la ciencia. No obstante, voy a ofrecer algunas sugerencias que creo que podrían ser vías productivas para trabajar en métodos comparativos.
- https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biologia_evolutiva_del_desarrollo/M%C3%A9todos_comparativos_filogen%C3%A9ticos_(Harmon)/10%3A_Introducci%C3%B3n_a_los_modelos_de_Nacimiento-Muerte/10.06%3A_Gr%C3%A1ficas_de_linaje_a_trav%C3%A9s_del_tiempoLa otra forma principal de cuantificar la forma filogenética de los árboles es haciendo parcelas de linaje a través del tiempo. Estas parcelas tienen tiempo a lo largo del eje x (desde la raíz del árb...La otra forma principal de cuantificar la forma filogenética de los árboles es haciendo parcelas de linaje a través del tiempo. Estas parcelas tienen tiempo a lo largo del eje x (desde la raíz del árbol hasta la actualidad), y el número reconstruido de linajes en el eje y. Dado que generalmente estamos considerando modelos de nacimiento-muerte, donde se espera que el número de linajes crezca (o se reduzca) exponencialmente a través del tiempo, entonces es una práctica típica transformar logarítm
