Las búsquedas BLAST comienzan con una secuencia de consulta que se comparará con las bases de datos de secuencias especificadas por el usuario. BLASTP utiliza una matriz de exploración ponderada, BLOS...Las búsquedas BLAST comienzan con una secuencia de consulta que se comparará con las bases de datos de secuencias especificadas por el usuario. BLASTP utiliza una matriz de exploración ponderada, BLOSUM 62 (Henikoff & Henikoff, 1999), que influye en las frecuencias con las que se han producido sustituciones de aminoácidos particulares durante la evolución de proteínas.