El algoritmo en el apéndice a continuación da la probabilidad para cualquier modelo particular de Markov de estado discreto en un árbol, pero requiere que especifiquemos un valor del parámetro de tasa...El algoritmo en el apéndice a continuación da la probabilidad para cualquier modelo particular de Markov de estado discreto en un árbol, pero requiere que especifiquemos un valor del parámetro de tasa q. Si aplicamos el algoritmo de poda a través de un rango de diferentes valores de q, la probabilidad cambia. Para encontrar la estimación ML de q, podemos volver a utilizar métodos de optimización numérica, calculando la probabilidad podando para muchos valores de q y encontrando el máximo.
