Dados Q y r, se puede calcular la probabilidad para este modelo usando el algoritmo de poda, modificado de tal manera que se use la matriz de transición apropiada a lo largo de cada rama del árbol; lu...Dados Q y r, se puede calcular la probabilidad para este modelo usando el algoritmo de poda, modificado de tal manera que se use la matriz de transición apropiada a lo largo de cada rama del árbol; luego se puede maximizar la probabilidad del modelo para todos los parámetros (aquellos que describen Q, así como r, que describe la tasa relativa de evolución en el clado focal en comparación con el fondo).
