La formulación anterior de LCS está cerca del problema de alineación de secuencias completas, pero hasta ahora no hemos especificado ninguna función de costo que pueda diferenciar entre los tres tipos...La formulación anterior de LCS está cerca del problema de alineación de secuencias completas, pero hasta ahora no hemos especificado ninguna función de costo que pueda diferenciar entre los tres tipos de operaciones de edición (inserción, deleciones y sustituciones). El problema es encontrar la secuencia de operación menos costosa (según la matriz de costos) que pueda transformar la secuencia inicial de nucleótidos en la secuencia de nucleótidos final.
