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    • https://espanol.libretexts.org/Biologia/Biologia_Computacional/Libro%3A_Biolog%C3%ADa_Computacional_-_Genomas%2C_Redes_y_Evoluci%C3%B3n_(Kellis_et_al.)/08%3A_Modelos_Ocultos_de_Markov_II-Decodificaci%C3%B3n_posterior_y_aprendizaje/8.05%3A_Uso_de_HMM_para_alinear_secuencias_con_penalizaciones_por_hueco_af%C3%ADn
      Recordemos que penalizaciones por brecha afín penaliza más abrir/ iniciar la brecha que extenderla, así la penalización de un hueco de longitud g es r (g) = -d - (g-1) *e, donde d es la penalización p...Recordemos que penalizaciones por brecha afín penaliza más abrir/ iniciar la brecha que extenderla, así la penalización de un hueco de longitud g es r (g) = -d - (g-1) *e, donde d es la penalización para abrir la brecha y e es la penalización para extender una brecha ya abierta. Se nos dan dos secuencias: X e Y, la matriz de puntuación S (S (xi, yj) = puntaje de coincidencia xi con yj), penalización por apertura de brecha de d y penalización de extensión de hueco de e.

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