El proyecto ENCODE utilizó una amplia gama de técnicas experimentales, que van desde RNA-seq, Cage-seq, Exon Arrays, Maine-seq, Chromatin Chip-seq, DNase-seq y muchas más. Una de las técnicas más impo...El proyecto ENCODE utilizó una amplia gama de técnicas experimentales, que van desde RNA-seq, Cage-seq, Exon Arrays, Maine-seq, Chromatin Chip-seq, DNase-seq y muchas más. Una de las técnicas más importantes utilizadas fue Chip-seq (inmunoprecipitación de cromatina seguida de secuenciación). Esto se hace mediante el uso de un anti-cuerpo que se dirige a la proteína específica y se utiliza para inmunoprecipitar el complejo ADN-proteína.