La hipótesis nula de la prueba es que la fracción de recombinación (la probabilidad de que se produzca una recombinación entre dos marcadores adyacentes)θ = 1/2 (sin vinculación) mientras que...La hipótesis nula de la prueba es que la fracción de recombinación (la probabilidad de que se produzca una recombinación entre dos marcadores adyacentes)θ = 1/2 (sin vinculación) mientras que la hipótesis alternativa es que es una cantidad menor. Las probabilidades de transición en el HMM son entonces una función de la fracción de recombinación entre marcadores adyacentes y la distancia de Hamming (el número de bits que difieren, o el número de recombinaciones) entre los dos estados.
