El nucleófilo iniciador es el OH 3' de un nucleótido guanina para intrones del Grupo I, mientras que para los intrones e intrones del Grupo II en pre-ARNm, es el 2' OH de un nucleótido adenina interno...El nucleófilo iniciador es el OH 3' de un nucleótido guanina para intrones del Grupo I, mientras que para los intrones e intrones del Grupo II en pre-ARNm, es el 2' OH de un nucleótido adenina interno en el intrón. Estas estructuras secundarias pueden ser intramoleculares en el caso de intrones autoempalmados del Grupo I y del Grupo II, o pueden ser intermoleculares en el caso del pre-ARNm y los ARNsn, por ejemplo, los de los snRNP U1, U2, quizás U6.
