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16.4: PCR en Silico

Última actualización

29 oct 2022
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- 16.3: Restricción In Silico
- 16.5: Explosión de imprimación

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Usando las secuencias del cebador, se puede determinar el tamaño y/o ubicación de un producto de PCR. Esto se puede hacer usando BLAST o con un programa como UGENE.

Usando BLAST

Cebadores para la inserción PV92.
- Imprimación hacia adelante: 5′ GGATCTCAGGGTGGGTGGCAATGCT 3′
- Imprimación inversa: 5′ GAAAGGCAAGCTACCAGAAGCCAA 3′
Visita BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch.
Pega ambas imprimaciones:
- GGATCTCAGGGTGGGTGGCAATGCTGAAAGGCAAGCTACCAGAAGCCCCAA
- Retire los números de 5′ y 3′.
Elija “Algo Similar”.
- Localizar el lugar del producto y el tamaño.

Usando Ugene

Ejercicio usando un cebador D-Loop humano.
- Cebador Directo 5'-TTAACTCACCATTAGCACC-3'
- Imprimación inversa 5'-GAGGATGGTGGTCAAGGGAC-3'
Descarga el archivo Genbank de muestra: Genoma Mitocondrial Humano.
Abre el archivo en Ugene.
Seleccione el botón “In Silico PCR” en el extremo derecho (botón de doble hélice).
- Inserte los cebadores directo e inverso en los espacios apropiados.

primerbutton

5. Se debe anotar un producto de PCR para una de las secuencias después de presionar “Buscar productos de todos modos”.

Usando BLAST

Usando Ugene

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