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D: Taxonomía de microorganismos clínicamente relevantes

D: Taxonomía de microorganismos clínicamente relevantes

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29 oct 2022
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Patógenos Bacterianos

En las siguientes tablas se enumeran las especies, y algunos grupos superiores, de Eubacterias patógenas mencionadas en el texto. La clasificación de Bacterias, uno de los tres dominios de la vida, está en constante cambio a medida que las relaciones se vuelven más claras a través del muestreo de secuencias genéticas. Muchos grupos en todos los niveles taxonómicos aún tienen una relación indeterminada con otros miembros del árbol filogenético de Bacterias. El Manual de Sistemática de Arqueas y Bacterias de Bergey mantiene una lista publicada y descripciones de especies procariotas. Las tablas aquí siguen la organización taxonómica en el Esquema Taxonómico Manual de Bergey. ¹

Hemos dividido las especies en tablas correspondientes a diferentes filos bacterianos. El rango taxonómico de reino no se utiliza en la taxonomía procariota, por lo que los filos son el subagrupamiento por debajo del dominio. Tenga en cuenta que muchos filos bacterianos no representados por estas tablas. Las especies y géneros se enumeran solo bajo la clase dentro de cada filo. Los nombres que se le dan a las bacterias están regulados por el Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias tal como lo mantiene el Comité Internacional de Sistemática o Procariotas.

Cuadro $\PageIndex{1}$ : Phylum Actinobacteria
Clase	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Actinobacterias	Corynebacterium	difterias	Difteria
	Gardnerella	vaginalis	Vaginosis bacteriana
	Micrococos		Infecciones oportunistas
	Mycobacterium	bovis	Tuberculosis, principalmente en bovinos
	Mycobacterium	leprae	Enfermedad de Hansen
	Mycobacterium	tuberculosis	Tuberculosis
	Propionibacterium	acnes	Acné, blefaritis, endoftalmitis

Tabla $\PageIndex{2}$ : Phylum Bacteroidetes
Clase	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Bacteroidia	Porfiromonas		Enfermedad periodontal
Bacteroidia	Prevotella	intermedia	Enfermedad periodontal

Tabla $\PageIndex{3}$ : Phylum Chlamydiae
Clase	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Clamidias	Clamidia	psittaci	Psitacosis
Clamidias	Clamidia	trachomatis	Clamidia de transmisión sexual

Tabla $\PageIndex{4}$ : Phylum Firmicutes
Clase	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Bacilos	Bacillus	antracita	Ántrax
	Bacillus	cereus	Intoxicación alimentaria diarreica y emética
	Listeria	monocitogenes	Listeriosis
	Enterococcus	fecalis	Endocarditis, septicemia, infecciones urinarias, meningitis
	Staphylococcus	aureus	Infecciones cutáneas, sinusitis, intoxicación alimentaria
	Staphylococcus	epidermidis	Infecciones nosocomiales y oportunistas
	Staphylococcus	hominis	Infecciones oportunistas
	Staphylococcus	saprophyticus	Infecciones del tracto urinario
	Streptococcus	agalactiae	Infección posparto, sepsis neonatal
	Streptococcus	mutanes	Caries
	Streptococcus	neumonías	Neumonía, muchas otras infecciones
	Streptococcus	piogenes	Faringitis, escarlatina, impétigo, fasciittis necrosante
Clostridia	Clostridium	botulinum	Intoxicación botulínica
	Clostridium	difficile	Colitis
	Clostridium	perfringens	Intoxicación alimentaria, gangrena gaseosa
	Clostridium	tetani	Tétanos

Tabla $\PageIndex{5}$ : Phylum Fusobacteria
Clase	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Fusobacteriia	Fusobacterium		Enfermedad periodontal, síndrome de Lemierre, úlceras cutáneas
Fusobacteriia	Streptobacillus	moniliformis	Fiebre por picadura de rata

Tabla $\PageIndex{6}$ : Proteobacterias del filo
Clase	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Alfaproteobacterias	Anaplasma	fagocytophilum	Anaplasmosis granulocítica humana
	Bartonella	henselae	Peliosis hepatitis, angiomatosis bacilar, endocarditis, bacteriemia
	Bartonella	quintana	Fiebre trinchera
	Brucella	melitensis	Brucelosis ovina
	Ehrlichia	chaffeensis	Ehrlichiosis monocítica humana
	Rickettsia	prowazekii	Tifus epidémico
	Rickettsia	rickettsii	Fiebre manchada de las montañas
	Rickettsia	typhi	Tifus murino
Betaproteobacterias	Bordetella	tos ferina	Tos ferina
	Eikenella		Infecciones por mordedura
	Neisseria	gonorrea	Gonorrea
	Neisseria	meningitidis	Meningitis
	Spirillum	menos (alt. menor)	Sodoku (fiebre por mordedura de rata)
Epsilonproteobacterias	Campylobacter	jejuni	Gastroenteritis, síndrome de Guillain-Barré
Epsilonproteobacterias	Helicobacter	pylori	Úlceras gástricas
Gammaproteobacterias	Aeromonas	hidrofila	Gastroenteritis disentérica
	Coxiella	burnetii	Fiebre Q
	Enterobacter		Infecciones urinarias y respiratorias
	Escherichia	Coli Cepas: productora de toxina shiga (STEC) (por ejemplo, O157:H7) también llamada E. coli enterohemorrágica (EHEC) o E. coli productora de verocitotoxina (VTEC)	Brotes de diarrea transmitida por alimentos, colitis hemorrágica, síndrome hemolítico-urémico
	Escherichia	Coli Cepa: E. coli enterotoxigénica (ETEC)	Diarrea del viajero
	Escherichia	Coli Cepa: E. coli enteropatogénica (EPEC)	Diarrea, especialmente en niños pequeños
	Escherichia	Coli Cepa: E. coli enteroagregativa (EAEC)	Enfermedad diarreica en niños y viajeros
	Escherichia	Coli Cepa: E. coli difusamente adherente (DAEC)	Enfermedad diarreica de niños
	Escherichia	Coli Cepa: E. coli enteroinvasiva (EPEC)	Disentería bacilar, células invaden células epiteliales intestinales
	Francisella	tularensis	Tularemia
	Haemophilus	ducreyi	Chancroide
	Haemophilus	influenzae	Bacteriemia, neumonía, meningitis
	Klebsiella	neumonías	Neumonía, infecciones nosocomiales
	Legionella	neumophila	Enfermedad del legionario
	Moraxella	catarrhalis	Otitis media, bronquitis, sinusitis, laringitis, neumonía
	Pasteurella		Pasteurelosis
	Plesiomonas	shigelloides	Gastroenteritis
	Proteus		Infecciones oportunistas del tracto urinario
	Pseudomonas	aeruginosa	Neumonía oportunista, nosocomial y sepsis
	Salmonella	bongori	Salmonelosis
	Salmonella	enterica	Salmonelosis
	Serratia		Neumonía, infecciones del tracto urinario
	Shigella	boydii	Disentería
	Shigella	disentias	Disentería
	Shigella	flexneri	Disentería
	Shigella	sonnei	Disentería
	Vibrio	cólera	Cólera
	Vibrio	parahemolyticus	Gastroenteritis de mariscos
	Vibrio	vulnificus	Gastroenteritis por mariscos, infecciones de heridas necrotizantes, septicemia
	Yersinia	enterocolítica	Yersiniosis
	Yersinia	pestis	Plaga
	Yersinia	pseudotuberculosis	Fiebre escarlata del Lejano Oriente

Tabla $\PageIndex{7}$ : Espiroquetas de filo
Clase	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Spiroqueetia	Borrelia	burgdorferi	Enfermedad de Lyme
	Borrelia	hermsii	Fiebre recidivante transmitida por garrapatas
	Borrelia	recurrentis	Fiebre recidivante transmitida por piojos
	Leptospira	interrogans	Leptospirosis
	Treponema	palidum	Sífilis, bejel, pinta, guiño

Tabla $\PageIndex{8}$ : Phylum Tenericutes
Clase	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Mollicutes	Mycoplasma	genitalium	Uretritis, cervicitis
	Mycoplasma	hominis	Enfermedad inflamatoria pélvica, vaginosis bacteriana
	Mycoplasma	neumonías	Neumonía por micoplasma
	Ureaplasma	urealyticum	Uretritis, infecciones fetales

Patógenos Virales

Existen varios sistemas de clasificación para virus. El Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV) es el organismo científico internacional responsable de las reglas de clasificación viral. El sistema ICTV utilizado aquí agrupa virus basados en similitud genética y presunta monofilia. El sistema de clasificación viral es independiente del sistema de clasificación para organismos celulares. El sistema ICTV agrupa virus dentro de siete órdenes, los cuales contienen familias relacionadas. Actualmente hay un gran número de familias no asignadas con afinidades desconocidas a los siete órdenes. Tres de estos órdenes infectan solo a Eubacteria, Archaea o plantas y no aparecen en esta tabla. Algunas familias pueden dividirse en subfamilias. También hay muchos géneros no asignados. Como todas las taxonomías, la taxonomía viral está en constante cambio. La última lista completa de especies y clasificación se puede obtener en el sitio web de ICTV. ²

Una tabla titulada “Patógenos virales (continuación)” da información sobre el orden, familia, subfamilia, género, especie y enfermedades relacionadas.Todas las entradas de esta tabla no están asignadas en la categoría de orden. Para la familia flaviviriadae, género flavivirus, especie virus del dengue, la enfermedad relacionada es el dengue. Para la familia flaviviriadae, género flavivirus, especie Virus de la fiebre amarilla, la enfermedad relacionada es la fiebre amarilla. En la familia flaviviriadae, género hepacivirus, especie virus de la hepatitis c, la enfermedad relacionada es la hepatitis C. Para la familia hepadnaviridae, género orthohepadnavirus, especie virus de la hepatitis B, la enfermedad relacionada es la hepatitis B. Para la familia Hepeviridae, género orthohepevirus, especie virus de la hepatitis E, la la enfermedad relacionada es la hepatitis E. Para la familia orthomyxoviridae, género influenzavirus A, especie influenza virus A, la enfermedad relacionada es la gripe pandémica. Para la familia orthomyxoviridae, género influenzavirus B, especie influenza virus B, la enfermedad relacionada es la Gripe. Para la familia orthomyxoviridae, género influenzavirus C, especie influenza virus C, la enfermedad relacionada es la Gripe. Para la familia papillomaviridae, género alphapillomavirus, especie virus del papiloma humano, la enfermedad relacionada son las verrugas cutáneas. Para la familia parvoviridae, subfamilia parvovirinae, género eritroparvovirus, especie parvovirus humano B 19, la enfermedad relacionada es la quinta enfermedad (eritema infeccioso). Para la familia poxviridae, subfamilia chordopoxvirinae, género ortopoxvirus, especie virus de la variola, las enfermedades relacionadas son variola mayor, variola menor (viruela). Para la familia poxviridae, subfamilia chordopoxvirinae, género ortopoxvirus, especie virus vaccinia, la enfermedad relacionada es la viruela bovina. Para la familia reoviridae, subfamilia sedoreovirinae, género rotavirus, especie ocho especies, la enfermedad relacionada es la gastroenteritis. Para la familia retroviridae, subfamilia ortoretrovirinae, género lentivirus, especie virus de la inmunodeficiencia humana, la enfermedad relacionada es el SIDA. Para la familia togaviridae, género alfavirus, especie virus chikungunya (CHIKV), la enfermedad relacionada es Chikungunya. Para la familia togaviridae, género rubivirus, especie virus de la rubéola, la enfermedad relacionada es Rubéola (sarampión alemán). Para un orden no asignado, género deltavirus, especie virus de la hepatitis D, la enfermedad relacionada es la hepatitis D. — Figura $\PageIndex{2}$

Patógenos fúngicos

Los Hongos son uno de los reinos del dominio Eukarya. Los hongos están más estrechamente relacionados con los animales y algunos otros grupos pequeños y más distantemente relacionados con las plantas y otros grupos que anteriormente fueron categorizados como protistas. En la actualidad, los Hongos se dividen en siete filos (o divisiones, una retención de cuando los hongos se estudiaron con plantas), pero hay incertidumbres sobre algunas relaciones. ³ Muchos grupos de hongos, particularmente los que antes se clasificaban en el filo Zygomycota, que no era monofilético, tienen relaciones inciertas con los otros hongos. La única especie listada en esta tabla que entra en esta categoría es Rhizopus arrhizus. Los nombres de hongos se rigen por el Código Internacional de Nomenclatura para Algas, Hongos y Plantas, ⁴ pero la Comisión Internacional de Taxonomía de Hongos (ICTF) también promueve el trabajo taxonómico sobre hongos. Una actividad de la ICTF es dar a conocer cambios de nombre para especies fúngicas médicamente y de otra manera importantes. Muchas especies que antes tenían dos nombres (uno para la forma sexual y otro para la forma asexual) ahora se están reuniendo bajo un solo nombre.

Tabla $\PageIndex{9}$ : Patógenos fúngicos
División	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Ascomycota	Aspergillus	flavus	Aspergilosis oportunista
	Aspergillus	fumigatus	Aspergilosis oportunista
	Blastomyces	dermatitidis	Blastomicosis
	Candida	albicans	Zorzal (candidiasis)
	Coccidioides	immitis	Fiebre del valle (coccidioidomicosis)
	Epidermophyton		Tinea corporis (tiña), tiña cruris (tiña inguinal), tiña pedis (pie de althlete), tiña unguium (onicomicosis)
	Histoplasma	capsulatum	Histoplasmosis
	Microsporum		Tinea capitis (tiña), tiña del cuerpo (tiña), otras dermatofitos
	Pneumocystis	jirovecii	Neumonía oportunista
	Sporothrix	schenckii	Esporotricosis (enfermedad del manipulador de rosas)
	Trichophyton	mentagrophytes var. interdigitale	Tinea barbae (picor de barbero), dermatofitos
	Trichophyton	rubrum	Tinea corporis (tiña), tiña cruris (tiña inguinal), tiña pedis (pie de althlete), tiña unguium (onicomicosis)
Basidiomycota	Cryptococcus	neoformanos	Criptococosis oportunista, meningitis fúngica, encefalitis
Basidiomycota	Malassezia		Caspa, tiña versicolor
incierto	Rhizopus	arrhizus	Mucormicosis

Patógenos protozoarios

Las relaciones entre los organismos (y por lo tanto su taxonomía) previamente agrupados bajo el nombre de Protistas se entienden mejor que hace dos o tres décadas, pero esto sigue siendo un trabajo en progreso. En 2005, los Eukarya se dividieron en seis supergrupos. ⁵ La última clasificación de alto nivel combinó dos de los supergrupos anteriores para producir un sistema que comprendía cinco supergrupos. ⁶ Esta clasificación fue desarrollada para la Sociedad de Protozoólogos, pero no es el único enfoque sugerido. Uno de los cinco supergrupos incluye animales, hongos y algunos grupos protistas más pequeños. Otro contiene plantas verdes y tres grupos de algas. Los otros tres supergrupos (enumerados en las tres tablas siguientes) contienen a los otros protistas, muchos de ellos que causan enfermedades. Además, existe un gran número de grupos protistas cuyas relaciones no se entienden. En los tres supergrupos aquí representados hemos indicado el filo al que pertenecen los patógenos enumerados.

Tabla $\PageIndex{10}$ : Supergrupo Amoebozoa
Phylum	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Amoebozoa	Acanthamoeba		Encefalitis amebiana granulomatosa, queratitis acantamebiana
Amoebozoa	Entamoeba	histolytica	Enterobiasis

Tabla $\PageIndex{11}$ : Supergrupo SAR (Stramenopiles, Alveolata, Rhizaria)
Phylum	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Apicomplexa	Babesia		Babesiosis
	Criptosporidium	hominis	Criptosporidiosis
	Criptosporidium	parvum	Criptosporidiosis
	Cyclospora	cayetanensis	Gastroenteritis
	Plasmodium	falciparum	Malaria
	Plasmodium	malarias	Malaria “benigna” o “cuartanana” (fiebre recurrente de 3 días)
	Plasmodium	óvale	Malaria “Terciana” (fiebre recurrente de 2 días)
	Plasmodium	vivax	Malaria “benigna” “terciana” (fiebre recurrente de 2 días)
	Plasmodium	knowlesi	Malaria de primates capaz de zoonosis, fiebre diaria
	Toxoplasma	gondii	Toxoplasmosis

Tabla $\PageIndex{12}$ : Supergrupo Excavata
Phylum	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Metamonada	Giardia	lamblia	Giardiasis
Metamonada	Trichomonas	vaginalis	Tricomoniasis
Euglenozoa	Leishmania	braziliensis	Leishmaniasis
	Leishmania	donovani	Leishmaniasis
	Leishmania	tropica	Leishmaniasis cutánea
	Tripanosoma	brucei	Enfermedad africana del sueño (tripanosomiasis africana)
	Tripanosoma	cruzi	Enfermedad de Chagas
Percolozoa	Naegleria	fowleri	Meningoencefalitis amebiana primaria (naegleriasis)

Helmintos parasitarios

La taxonomía de los gusanos parásitos, todos los cuales pertenecen al reino Animalia, aún contiene muchas incertidumbres. Las especies patógenas se encuentran en dos filos: los nematodos, o lombrices intestinales, y los Platyhelmintos, o gusanos planos. El nematoda se divide tentativamente en dos clases ⁷, una de las cuales, Chromadorea, probablemente contiene grupos no relacionados. Los gusanos planos parásitos están contenidos dentro de tres clases de gusanos planos, de los cuales dos son importantes para los humanos, los trematodos y los cestodos.

Tabla $\PageIndex{13}$ : Phylum Nematoda
Clase	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Chromadorea	Ancilostoma	canino	Infección por anquilostoma
	Ancilostoma	duodenal	Infección por anquilostomiasis
	Ascaris	lumbricoides	Ascariasis
	Enterobius	vermicularis	Enterobiasis (gusano pin)
	Loa	loa	Filariasis de Loa loa (gusano ocular)
	Necator	americanus	Necatoriasis (infección por anquilostomas del Nuevo Mundo)
	Strongyloides	stercoralis	Estrongiloidiasis
Enoplea	Trichinella	espiralis	Triquinosis
Enoplea	Trichuris	trichiura	Trichuriasis (infección por gusano látigo)

Tabla $\PageIndex{14}$ : Filum Platyhelminthes
Clase	Género	Especies	Enfermedades Relacionadas
Trematoda	Clonorchis	sinensis	Fluke hepático chino
	Fasciolopsis	buski	Fasciolopsiasis
	Fasciola	gigantica	Fascioliasis
	Fasciola	hepatica	Fascioliasis
	Opisthorchis	felino	Opistorquiasis
	Opisthorchis	viverrini	Opistorquiasis
	Esquistosoma	Hematobio	Esquistosomiasis urinaria
	Esquistosoma	japonicum	Esquistosomiasis
	Esquistosoma	mansoni	Esquistosomiasis intestinal
Cestoda	Difilobothrium	latum	Difilobotriosis
	Echinococcus	granuloso	Quistes hidatídicos (equinococosis quística)
	Echinococcus	multilocularis	Equinococosis
	Taenia	asiatica	Teniasis intestinal
	Taenia	saginata	Teniasis intestinal
	Taenia	solium	Teniasis intestinal, cisticercosis

Notas al pie

1 Confianza Manual de Bergey. Manual de Sistemática de Arqueas y Bacterias de Bergey, Esquema Taxonómico. 2012. http://www.bergeys.org/outlines.html
2 Comité Internacional de Taxonomía de Virus. “Lista maestra de especies de ICTV”. http://talk.ictvonline.org/files/ict...l/default.aspx
3 D. S. Hibbett et al. “Una Clasificación Filogenética de Nivel Superior de los Hongos”. Investigación Micológica 111 núm. 5 (2007) :509—547.
4 J. McNeill y col. Código Internacional de Nomenclatura para Algas, Hongos y Plantas (Código Melbourne). Oberreifenerg, Alemania. Koeltz Scientific Books; 2012. http://www.iapt-taxon.org/nomen/main.php?
5 S.M. Adl et al. “La Nueva Clasificación de Nivel Superior de Eucariotas con Énfasis en la Taxonomía de los Protistas”. Revista de Microbiología Eucariota 52 núm. 5 (2005) :399—451.
6 S.M. Adl et al. “La Clasificación Revisada de Eucariotas”. Revista de Microbiología Eucariota 59 núm. 5 (2012) :429—514.
7 Centro Nacional de Información Biotecnológica. “Navegador de taxonomía: Nematoda.” http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy...ax.cgi? id=6231