D: Taxonomía de microorganismos clínicamente relevantes

Patógenos Bacterianos

En las siguientes tablas se enumeran las especies, y algunos grupos superiores, de Eubacterias patógenas mencionadas en el texto. La clasificación de Bacterias, uno de los tres dominios de la vida, está en constante cambio a medida que las relaciones se vuelven más claras a través del muestreo de secuencias genéticas. Muchos grupos en todos los niveles taxonómicos aún tienen una relación indeterminada con otros miembros del árbol filogenético de Bacterias. El Manual de Sistemática de Arqueas y Bacterias de Bergey mantiene una lista publicada y descripciones de especies procariotas. Las tablas aquí siguen la organización taxonómica en el Esquema Taxonómico Manual de Bergey. ¹

Hemos dividido las especies en tablas correspondientes a diferentes filos bacterianos. El rango taxonómico de reino no se utiliza en la taxonomía procariota, por lo que los filos son el subagrupamiento por debajo del dominio. Tenga en cuenta que muchos filos bacterianos no representados por estas tablas. Las especies y géneros se enumeran solo bajo la clase dentro de cada filo. Los nombres que se le dan a las bacterias están regulados por el Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias tal como lo mantiene el Comité Internacional de Sistemática o Procariotas.

Patógenos Virales

Existen varios sistemas de clasificación para virus. El Comité Internacional de Taxonomía de Virus (ICTV) es el organismo científico internacional responsable de las reglas de clasificación viral. El sistema ICTV utilizado aquí agrupa virus basados en similitud genética y presunta monofilia. El sistema de clasificación viral es independiente del sistema de clasificación para organismos celulares. El sistema ICTV agrupa virus dentro de siete órdenes, los cuales contienen familias relacionadas. Actualmente hay un gran número de familias no asignadas con afinidades desconocidas a los siete órdenes. Tres de estos órdenes infectan solo a Eubacteria, Archaea o plantas y no aparecen en esta tabla. Algunas familias pueden dividirse en subfamilias. También hay muchos géneros no asignados. Como todas las taxonomías, la taxonomía viral está en constante cambio. La última lista completa de especies y clasificación se puede obtener en el sitio web de ICTV. ²

Patógenos fúngicos

Los Hongos son uno de los reinos del dominio Eukarya. Los hongos están más estrechamente relacionados con los animales y algunos otros grupos pequeños y más distantemente relacionados con las plantas y otros grupos que anteriormente fueron categorizados como protistas. En la actualidad, los Hongos se dividen en siete filos (o divisiones, una retención de cuando los hongos se estudiaron con plantas), pero hay incertidumbres sobre algunas relaciones. ³ Muchos grupos de hongos, particularmente los que antes se clasificaban en el filo Zygomycota, que no era monofilético, tienen relaciones inciertas con los otros hongos. La única especie listada en esta tabla que entra en esta categoría es Rhizopus arrhizus. Los nombres de hongos se rigen por el Código Internacional de Nomenclatura para Algas, Hongos y Plantas, ⁴ pero la Comisión Internacional de Taxonomía de Hongos (ICTF) también promueve el trabajo taxonómico sobre hongos. Una actividad de la ICTF es dar a conocer cambios de nombre para especies fúngicas médicamente y de otra manera importantes. Muchas especies que antes tenían dos nombres (uno para la forma sexual y otro para la forma asexual) ahora se están reuniendo bajo un solo nombre.

Patógenos protozoarios

Las relaciones entre los organismos (y por lo tanto su taxonomía) previamente agrupados bajo el nombre de Protistas se entienden mejor que hace dos o tres décadas, pero esto sigue siendo un trabajo en progreso. En 2005, los Eukarya se dividieron en seis supergrupos. ⁵ La última clasificación de alto nivel combinó dos de los supergrupos anteriores para producir un sistema que comprendía cinco supergrupos. ⁶ Esta clasificación fue desarrollada para la Sociedad de Protozoólogos, pero no es el único enfoque sugerido. Uno de los cinco supergrupos incluye animales, hongos y algunos grupos protistas más pequeños. Otro contiene plantas verdes y tres grupos de algas. Los otros tres supergrupos (enumerados en las tres tablas siguientes) contienen a los otros protistas, muchos de ellos que causan enfermedades. Además, existe un gran número de grupos protistas cuyas relaciones no se entienden. En los tres supergrupos aquí representados hemos indicado el filo al que pertenecen los patógenos enumerados.

Helmintos parasitarios

La taxonomía de los gusanos parásitos, todos los cuales pertenecen al reino Animalia, aún contiene muchas incertidumbres. Las especies patógenas se encuentran en dos filos: los nematodos, o lombrices intestinales, y los Platyhelmintos, o gusanos planos. El nematoda se divide tentativamente en dos clases ⁷, una de las cuales, Chromadorea, probablemente contiene grupos no relacionados. Los gusanos planos parásitos están contenidos dentro de tres clases de gusanos planos, de los cuales dos son importantes para los humanos, los trematodos y los cestodos.