Las interacciones humano-microbianas pueden ser comensales o mutualistas, como con muchos tipos de flora intestinal, o dañinas, como con bacterias patógenas. El Proyecto de Microbioma Humano (HMP) es una iniciativa de los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos destinada a identificar y caracterizar los microorganismos que se encuentran en asociación con humanos sanos y enfermos.