El proceso de identificación de enfermedades infecciosas es complejo y requiere la identificación del agente por medios directos o indirectos. En lo que respecta a muchas enfermedades microbianas, a menudo es difícil diagnosticar a un individuo a partir de la presentación clínica. Como tal, se requieren pruebas adicionales. Los métodos utilizados para diagnosticar enfermedades microbianas incluyen cultivo microbiano, microscopía, pruebas bioquímicas y diagnósticos moleculares.