2.1: Introducción

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La alineación de secuencias es una poderosa herramienta capaz de revelar los patrones y funciones de los genes. Si dos regiones genéticas son similares o idénticas, el alineamiento de secuencias puede demostrar los elementos conservados o diferencias entre ellas. La evolución ha conservado dos amplias clases de elementos funcionales en el genoma. Dichos elementos pre-servidos entre especies suelen ser homólogos ¹, ya sean secuencias ortólogas o parálogas (consulte el Apéndice 2.11.1). Ambas clases de elementos conservados pueden ayudar a demostrar la función o historia evolutiva de una secuencia génica. Resuelta principalmente mediante métodos computacionales (la mayoría de las veces programación dinámica), la alineación de secuencias es una forma rápida y poderosa de encontrar similitudes entre genes o genomas. Estas notas discuten el problema de alineación de secuencias, la técnica de programación dinámica y una solución específica al problema usando esta técnica.

1 Las secuencias homólogas son secuencias genómicas descendientes de un ancestro común.