8.S: Modelos de ajuste de evolución de caracteres discretos (Resumen)

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En este capítulo describo cómo se puede utilizar el algoritmo de poda de Felsenstein para calcular las probabilidades de los modelos Mk y Extended-MK en árboles filogenéticos. También he descrito marcos ML y bayesianos que pueden ser utilizados para probar hipótesis sobre la evolución de los personajes. Este capítulo también incluye una descripción de la prueba de “basura total”, que te indicará si tus datos tienen información sobre las tasas evolutivas de un personaje determinado.

Analizando nuestro ejemplo de extremidades de lagarto muestra el poder de este enfoque; podemos estimar las tasas de transición para este personaje a lo largo del tiempo macroevolutivo, y podemos decir con cierta certeza que las transiciones entre miembros y sin extremidades han sido asimétricas. En el siguiente capítulo, construiremos sobre el modelo Mk y desarrollaremos aún más nuestro kit de herramientas comparativo para comprender la evolución de los personajes discretos.

Referencias

Bergmann, P. J., y D. J. Irschick. 2012. Evolución vertebral y diversificación de reptiles escuamados. Evolución 66:1044 —1058. Biblioteca en línea de Wiley.

Brandley, M. C., J. P. Huelsenbeck, y J. J. Wiens. 2008. Tasas y patrones en la evolución de la forma corporal similar a serpiente en reptiles escamados: Evidencia de re-evolución repetida de dígitos perdidos y persistencia a largo plazo de formas corporales intermedias. Evolución. Biblioteca en línea de Wiley.

Felsenstein, J. 2004. Inferir filogenias. Sinauer Associates, Inc., Sunderland, MA.

Felsenstein, J. 1973. Métodos de máxima verosimilitud y pasos mínimos para estimar árboles evolutivos a partir de datos sobre caracteres discretos. Syst. Biol. 22:240 —249. Prensa de la Universidad de Oxford.

Pyron, R. A., F. T. Burbrink, y J. J. Wiens. 2013. Filogenia y clasificación revisada de escuamatas, incluyendo 4161 especies de lagartos y serpientes. BMC Evol. Biol. 13:93. bmcevolbiol.biomedcentral.com.

Rosindell, J., y L. J. Harmon. 2012. OneZoom: Un explorador fractal para el árbol de la vida. PLoS Biol. 10:e1001406.