16: Bioinformática
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- 16.1: Introducción
- Las secuencias biológicas se pasan al software en un formato estandarizado denominado FASTA. FASTA es un formato de texto plano que se puede leer en cualquier editor de texto (TextEdit, Bloc de notas, VIM, etc). Los ácidos nucleicos (ADN y ARN) y las proteínas están representados por nucleótidos de una sola letra (A, T, C, G) o aminoácidos de una sola letra (20 aminoácidos). Las secuencias FASTA comienzan con un carácter > en la primera línea y pueden contener múltiples entradas de secuencia todas delimitadas por una nueva línea y una línea de título que comienza con >.
- 16.2: Análisis de Secuencias
- Esta página contiene instrucciones sobre cómo realizar un análisis de secuencia contando los ORF usando un archivo FASTA y el software UGENE.
- 16.3: Restricción In Silico
- Las enzimas de restricción actúan como tijeras moleculares. Los que usamos en Biología Molecular son aquellos que cortan dentro de secuencias conocidas que ocurren con la frecuencia suficiente, pero lo suficientemente raras como para cortar nuestro ADN en fragmentos analizables. Los biólogos moleculares suelen utilizar 6 cortadores. Esto significa que el sitio de digestión está “restringido” a una secuencia de reconocimiento de 6 nucleótidos. Estos nucleótidos suelen ser palindrómicos como se discutió anteriormente.
- 16.4: PCR en Silico
- Usando las secuencias del cebador, se puede determinar el tamaño y/o ubicación de un producto de PCR. Esto se puede hacer usando BLAST o con un programa como UGENE. Esta página contiene instrucciones sobre cómo usar BLAST y UGENE para determinar el tamaño y/o ubicación de un producto de PCR.
- 16.5: Explosión de imprimación
- Primer-Blast es una combinación de un programa llamado Primer3 que ayuda en el diseño de cebadores con propiedades específicas y BLAST. Primer-Blast permite la construcción de cebadores para qPCR donde el usuario puede especificar la temperatura de fusión, reducir la cantidad de autocebado y ampliar las uniones exón-exón para evitar la amplificación del ADN genómico contaminante. Este proceso asegura que los cebadores diseñados caigan dentro de sus parámetros de diseño y muy probablemente solo amplifiquen su gen interesado.
- 16.6: Análisis Morfomético
- La morfometría (morfo-forma; métricas— mediciones) es el uso de mediciones físicas para determinar la relación de organismos. Con organismos extintos que se extinguieron hace mucho tiempo, la extracción de ADN resulta difícil. Asimismo, antes de las tecnologías de ADN para analizar especies, la taxonomía linneana se atribuyó a organismos en base a similitudes en características.
- 16.7: Alineación de Secuencias y Construcción de Árboles
- Esta página contiene un video informativo sobre cómo realizar un proceso de construcción de árboles en UGENE usando MUSCLE y PhyML así como la línea de comandos para el archivo de ejemplo.