16.2: Análisis de Secuencias
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- Se trata de un archivo en formato Genbank que contiene la secuencia que sigue a la palabra 'ORIGEN' y termina con '//'.
- Antes de la secuencia hay un lote de información descriptiva que incluye referencias, organismos e identificadores de referencias cruzadas de bases de datos. Si bien estos no significan mucho para usted, se puede consultar la base de datos apropiada dentro de Genbank para revelar más información sobre la secuencia.
- Descarga el archivo Lacz.fasta y ábrelo en un editor de texto (Bloc de notas).
- Observe la estructura simple del archivo fasta comenzando con el '>' y la descripción de la secuencia.
- Esta es una secuencia de ADN. ¡Pero el ADN suele ser bicatenario! Podemos asumir la secuencia de la segunda hebra porque será complementaria a ésta.
- Por convención: sabemos que esta secuencia es 5′ → 3′.
- Este texto contiene una porción del genoma de E. coli que incluye un gen llamado lacZ.
- Este archivo no contiene ninguna anotación para indicar dónde comienza o termina realmente la secuencia génica.
- Inicie UGENE y abra ambos archivos. Aparecerán en el panel “Objetos” del lado izquierdo.
- La pantalla predeterminada muestra automáticamente el complemento inverso de la cadena de ADN y los 6 marcos de lectura abiertos (ORF).
- Para simplificar la vista, haga clic en la 'C' para eliminar el hilo complementario (mire el cursor en la imagen).
4. Contar los ORF:
- Buscar ORF haciendo clic derecho en la secuencia y seleccione “Analizar → Buscar ORF”
- La configuración predeterminada busca ORF en ambas cadenas con una longitud mínima de 100 nucleótidos
- El Marco de Lectura Abierto aquí se define como algo que comienza con codones de iniciación o inicio del Código Genético Estándar (ATG) y dos codones de inicio alternativos adicionales (TTG y CTG) que terminan por cualquiera de los tres codones de parada estándar ( TAA, TAG, TGA)
- Al seleccionar Vista previa se proporcionará el número de ORF posibles que se ajusten a estos criterios.
5. Haga doble clic en el Lacz.gb en el panel Objetos para activar la vista.
- Este archivo ahora muestra la misma secuencia con información sobre el ADN.
- Expanda las distintas entidades en el panel Anotaciones en la parte inferior para explorar las entidades de secuencia.
