16.4: PCR en Silico
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Usando las secuencias del cebador, se puede determinar el tamaño y/o ubicación de un producto de PCR. Esto se puede hacer usando BLAST o con un programa como UGENE.
Usando BLAST
- Cebadores para la inserción PV92.
- Imprimación hacia adelante: 5′ GGATCTCAGGGTGGGTGGCAATGCT 3′
- Imprimación inversa: 5′ GAAAGGCAAGCTACCAGAAGCCAA 3′
- Visita BLAST: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PAGE_TYPE=BlastSearch.
- Pega ambas imprimaciones:
- GGATCTCAGGGTGGGTGGCAATGCTGAAAGGCAAGCTACCAGAAGCCCCAA
- Retire los números de 5′ y 3′.
- Elija “Algo Similar”.
- Localizar el lugar del producto y el tamaño.
Usando Ugene
- Ejercicio usando un cebador D-Loop humano.
- Cebador Directo 5'-TTAACTCACCATTAGCACC-3'
- Imprimación inversa 5'-GAGGATGGTGGTCAAGGGAC-3'
- Descarga el archivo Genbank de muestra: Genoma Mitocondrial Humano.
- Abre el archivo en Ugene.
- Seleccione el botón “In Silico PCR” en el extremo derecho (botón de doble hélice).
- Inserte los cebadores directo e inverso en los espacios apropiados.
5. Se debe anotar un producto de PCR para una de las secuencias después de presionar “Buscar productos de todos modos”.