12.3: Linaje Materno (Actividad)

La amplificación por PCR de la región de control mitocondrial

Hay 2 regiones hipervariables dentro de la región control de las mitocondrias. Este ejercicio amplifica solo uno de estos. Para obtener resultados más definitivos, ambos deben amplificarse y secuenciarse. Este ejercicio nos permitirá tener una idea aproximada de los orígenes de nuestra línea materna y podremos atribuirnos a diversas tribus en todo el mundo. El genoma mitocondrial humano (archivo genbank).

Primer Directo 5'-TTAACTCACCATTAGCACC-3'

Imprimación inversa 5'-GAGGATGGTGGTCAAGGGAC-3'

1. PCR de las muestras de ADN previamente extraídas.

• Vierta 2% de agarosa en el aparato de fundición en refrigerador.
• Se necesitan hacer 2 geles por clase → 100ml de TBE con agarosa 2g
• Agregue 5μl de solución segura SYBR en la agarosa fundida antes de colar.
• Coloca 2 juegos de peines en el gel → en un extremo y en el medio.

2. Cargar el gel con escalera de ADN y PCR.
3. Ejecutar el gel a 120V durante 20 minutos.
4. Visualice en el transiluminador UV.
5. Documentar con una cámara para verificar la amplificación.
6. El instructor presentará reacciones viables para la secuenciación.
7. Analizar datos durante la sesión del Laboratorio de Bioinformática.
   1. Usando la dirección de correo electrónico de NYCCT, regístrese para obtener una cuenta en https://dnasubway.cyverse.org/.
   2. Recuperar secuencias mitocondriales de referencia.
   3. Realizar alineamiento de múltiples secuencias usando MUSCLE.
   4. Dibuje árboles filogenéticos usando PHYLIP y visualice usando un FigTree.