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7: Variación fenotípica y semejanza entre familiares

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    Deriva genética y alelos neutros

    Comparando polimorfismo y divergencia

    Desviaciones del modelo de población constante.

    Anteriormente hemos visto que los cambios en el tamaño de nuestra población pueden ser capturados por un tamaño de población efectivo. Sin embargo, esto solo será una medida útil si los tamaños de la población varían lo suficientemente rápido, que el tamaño armónico medio efectivo de la población en periodos de tiempo cortos (\ (\ ll n_E\) generaciones) es representativo del tamaño efectivo de la población promediado en periodos de tiempo más largos. Si este no es el caso no hay un tamaño poblacional efectivo, ya que no podemos aproximar nuestra tasa de deriva por una sola población constante. Además, hemos ignorado el efecto de la estructura poblacional y la selección que violará nuestros supuestos de modelación.

    Podemos esperar detectar violaciones a partir de nuestro modelo neutral de tamaño de población constante, comparando aspectos de nuestro conjunto de datos con sus expectativas y distribuciones bajo nuestro modelo neutral.

    Por ejemplo, hemos ideado dos estimaciones de\(\theta\),\(\widehat{\theta_{\pi}}\) y\(\widehat{\theta_{W}}\), utilizando expectativas de diferentes aspectos de nuestros datos (diversidad por pares y número de sitios segregantes respectivamente). Bajo nuestro modelo neutral constante si tenemos datos suficientes esas dos estimaciones deberían ser iguales entre sí en promedio. Pero si hay alguna violación a nuestro modelo tal vez no lo sean. Así que una estadística de prueba podría ser tomar

    \[D = \widehat{\theta_{\pi}} - \widehat{\theta_{W}}\]

    que será cero en expectativa si nuestros datos fueron generados por un modelo de población constante neutral.


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