9.1: Cómo hacer tu primer script R
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Script es una herramienta central para el análisis de datos reproducibles y evaluables. Todo usuario de R debe saber cómo hacer scripts.
Esta es una breve instrucción para usuarios sin experiencia:
1. Guarda tu historial de comandos, por si acaso.
2. Luego, copie y pegue todos los comandos necesarios desde su consola R en el editor de texto (por ejemplo, abra el archivo en blanco en el editor R con el comando file.edit ()\(^{[1]}\).
Notas:
(a) Los comandos interactivos que necesitan la entrada del usuario, como help (), identify (), install.packages () o url.show ()) no deben entrar en el script.
(b) Todos los comandos de trazado deben estar dentro de pdf (...) /dev.off () o similar.
(c) También es una buena idea colocar primero sus comandos de carga de paquetes/script, luego sus comandos de carga de datos como read.table () y finalmente cálculos y trazados reales.
(d) Para agregar la función única, puede (1) escribir nombre de función sin paréntesis, (2) copiar y pegar nombre de función y salida en el script y (3) después del nombre de la función, insertar operador de asignación.
(e) Trate de optimizar su script (Figura\(\PageIndex{1}\)), por ejemplo, para eliminar todos los comandos innecesarios. Por ejemplo, presta atención a aquellos que no asignan ni trazan nada. Algunos de ellos, sin embargo, podrían ser útiles para mostrar tus resultados en la pantalla.
(f) Para aprender a escribir mejor tus scripts, lee guías de estilo, por ejemplo, la Guía de estilo R de Google en google.github.io/styleguide/... xml\(^{[2]}\).
3. Guarda tu guión. Recomendamos la extensión .r, también hay otras opiniones como .R o .Rscript. De todas formas, por favor no olvides decirle a tu sistema operativo que muestre extensiones de archivo, esto podría ser muy importante.
4. Cerrar R, no guardar espacio de trabajo.
5. Haga un directorio de prueba dentro de su directorio de trabajo, o (si ya existe) elimínelo (con todos los contenidos) y luego vuelva a hacer desde cero.
6. Copia tu script en el directorio de prueba. Tenga en cuenta que la versión maestra del script (donde va a insertar cambios) debe permanecer fuera del directorio de prueba.
7. Iniciar R, hacer prueba el directorio de trabajo.
8. Ejecute su script desde dentro de R a través de la fuente (script_name.r, echo=true).
Tenga en cuenta que: (a) R ejecuta su script dos veces, primero comprueba si hay errores, segundo realiza comandos; y (b) todas las advertencias se concentrarán al final de la salida (así que por favor no se preocupe).
Es muy importante verificar su script exactamente como se ha descrito anteriormente, ya que en este caso los comandos y objetos guardados en una sesión anterior no interferirán con sus comandos de script. Alternativamente, puede usar la forma no interactiva con el script de shell Rresults (ver más abajo).
Si todo está bien (por favor verifique especialmente si todos los archivos de trazado existen y se abren correctamente en su visor independiente), entonces el script está listo.
Si no, abra el script en el editor e intente encontrar un error (ver más abajo), luego corrija, cierre R, vuelva a crear (eliminar antiguo y hacer nuevo) directorio de prueba y repita.
Cuando tu script esté listo, puedes usarlo como la forma más conveniente de protocolar e incluso reportar tu trabajo. Lo más importante es que su script sea autosuficiente, descargue todos los datos, cargue todos los paquetes y haga todas las parcelas por sí mismas.
En realidad, este libro es el guion R gigante. Cuando lo ejecuto, se recrean todas las parcelas R. Este es el primer plus: la correspondencia exacta entre código y parcelas. El segundo plus es que todo el código se verifica con R, y si hay un error, simplemente se detendrá. No controlo la salida textual porque quiero modificarla, e.g., para que se ajuste mejor al texto.
. ¿Lo puedes encontrar?
Referencias
1. Los usuarios de Linux podrían querer agregar la opción editor=.
2. El paquete lintr contiene el comando lint () que comprueba los scripts R.