10.1: Motivación y Propósito

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El ARN (ácido ribonucleico) como molécula se ha postulado como el origen de la vida. Aunque durante mucho tiempo se consideró nada más que un intermediario entre el código en el ADN y las proteínas funcionales, se ha demostrado que el ARN cumple muchas funciones diferentes, abarcando todo el ámbito de la genómica. Parte de la causa de su versatilidad son las muchas conformaciones posibles en las que se puede encontrar el ARN. Al estar conformado por una estructura más flexible que el ADN, el ARN exhibe interesantes y variadas estructuras que pueden informarnos sobre sus múltiples propósitos. Ciertas estructuras del ARN, por ejemplo, se prestan a actividades catalíticas mientras que otras sirven como ARNt, y ARNm que son tan importantes durante el proceso de convertir el código del ADN en proteínas El objetivo de este capítulo es aprender métodos que puedan explicar, o incluso predecir la estructura secundaria del ARN con la esperanza de que arrojan luz sobre las muchas propiedades de esta molécula versátil.

Para lograr esto, primero analizamos el ARN desde una perspectiva biológica y explicamos los roles biológicos conocidos del ARN. Luego, estudiamos los diferentes métodos que existen para predecir la estructura del ARN. Existen dos enfoques principales para el problema del plegamiento del ARN: 1) predecir la estructura del ARN basada en la estabilidad termodinámica de la molécula, y buscar un óptimo termodinámico 2) modelos probabilísticos que intentan encontrar los estados de la molécula de ARN en un óptimo probabilístico.

Finalmente, podemos usar datos evolutivos para aumentar la confianza de nuestras predicciones por estos métodos.