18.1: Introducción a la Genómica Regulatoria

Última actualización
Guardar como PDF

Page ID: 54789

\( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)\(\newcommand{\AA}{\unicode[.8,0]{x212B}}\)

Cada célula tiene el mismo ADN, pero todas tienen diferentes patrones de expresión debido a la regulación temporal y espacial de los genes. La genómica reguladora explica estos complejos patrones de expresión génica. Los reguladores que estaremos discutiendo son:

Factor de Transcripción (TF) - Regula la transcripción de ADN a ARNm. Los TFs son proteínas que se unen al ADN antes de la transcripción y aumentan o disminuyen la transcripción. Podemos determinar la especificidad de un TF a través de métodos experimentales utilizando proteínas o anticuerpos. Podemos encontrar los genes por su similitud para conocer los TFs.
Micro ARN (miARN) - Regula la traducción del ARNm a Proteínas. Los miARN son moléculas de ARN que se unen al ARNm después de la transcripción y pueden reducir la traducción. Podemos determinar la especificidad de un miARN a través de métodos experimentales, como la clonación, o métodos computacionales, usando conservación y estructura.

Problemas Abiertos

Tanto los TFs como los miARN son reguladores y los podemos encontrar a través de métodos experimentales y computacionales. Discutiremos algunos de estos métodos computacionales, específicamente el uso de firmas evolutivas. Estos reguladores se unen a patrones específicos, llamados motivos. Podemos predecir los motivos a los que se unirá un regulador utilizando métodos experimentales y computacionales. Discutiremos la identificación de miARN a través de firmas evolutivas y estructurales y la identificación de ambos TFs y miARN a través del descubrimiento comparativo de novo, que teóricamente puede encontrar todos los motivos. Dado un motivo, es difícil encontrar el regulador que se une a él.

Un objetivo es un lugar donde un factor se une. Hay muchos motivos de secuencia, sin embargo muchos no se unirán; solo un subconjunto serán dianas. Las dianas para un regulador específico se pueden determinar mediante métodos experimentales. En la Conferencia 11, se discutieron métodos para encontrar un motivo dado un objetivo. También discutiremos la búsqueda de dianas dado un motivo.

Figura 18.1: Desafíos en la Genómica Regulatoria