25.3: Herramientas y Técnicas

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La biología sintética combina muchos campos, y las técnicas utilizadas no son particulares de la biología sintética. Al igual que el proceso de resolver otros problemas de ingeniería, el proceso de creación de un sistema biológico útil tiene fases de diseño, construcción, prueba y mejora. Una vez que se crea un diseño o declaración de las propiedades deseadas de un sistema biológico, el problema se convierte en encontrar los componentes biológicos adecuados para construir dicho sistema.

BioCompiler [1] es una herramienta desarrollada para permitir la programación de circuitos biológicos utilizando un lenguaje de programación de alto nivel. Uno puede escribir programas en un lenguaje similar al LISP y compilar su programa en un circuito biológico. BioCompiler utiliza un proceso similar al de un compilador para un lenguaje de programación. Utiliza un programa escrito por humanos como descripción de alto nivel del circuito genético, luego genera una descripción formal del programa. A partir de ahí, busca piezas abstractas de la red reguladora genética que se pueden combinar para crear el circuito genético y pasa por su biblioteca de partes de ADN para encontrar secuencias adecuadas que coincidan con la funcionalidad de las piezas abstractas de la red reguladora genética. Luego se pueden generar instrucciones de ensamblaje para crear células con la red reguladora genética adecuada.

Figura 26.5: Un ejemplo de un programa BioCompiler y el proceso de actualizarlo (crédito a Ron Weiss)

Las piezas biológicas estándar de BioRick (biobricks.org) son otra herramienta utilizada en biología sintética. Similar a las partes del Registro de Partes Biológicas Estándar, las partes biológicas estándar de BioRick son secuencias de ADN de estructura y función definidas. Cada parte de BioRick es una secuencia de ADN que se mantiene unida en un plásmido circular. En cada extremo del BioRick contiene una secuencia conocida y bien definida con enzimas de restricción que pueden abrir el plásmido en posiciones conocidas. Esto permite la creación de piezas más grandes de BioRick encadenando otras más pequeñas. Algunos competidores en la competencia iGEM utilizaron sistemas BioRick para desarrollar una línea de E. coli que producía aromas como el plátano o la menta.

Figura 26.6: Un ejemplo de combinación de BioRick Pieces tomado de 2006.igem.org/wiki/index. php/Standard_Assembly