27.1: Introducción

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En el capítulo anterior, cubrimos técnicas de razonamiento sobre la evolución en términos de árboles de descenso. Los algoritmos que cubrimos para la construcción de árboles, la UPGMA y la unión de vecinos asumieron que estábamos comparando secciones completamente alineadas de secuencias.

En esta sección, presentamos modelos adicionales para el uso de árboles filogenéticos en diferentes contextos. Aquí aclaramos las diferencias entre especies y árboles genéticos. Luego cubrimos un marco llamado reconciliación que nos permite combinar efectivamente los dos mediante el mapeo de árboles genéticos en árboles de especies. Este mapeo nos da un medio para inferir eventos de duplicación y pérdida de genes.

También presentaremos una perspectiva filogenética para el razonamiento sobre la genética de poblaciones. Dado que la genética poblacional se ocupa de eventos de mutación relativamente recientes, ofrecemos el modelo Wright-Fisher como una herramienta para representar cambios en poblaciones enteras. Desafortunadamente, cuando se trata de datos del mundo real, generalmente solo somos capaces de secuenciar genes de los descendientes vivos actuales de un grupo. Como remedio a esta deficiencia, cubrimos el modelo Coalescent, que se puede pensar como un análogo de Wright-Fisher invertido en el tiempo.

Mediante el uso de la coalescencia, ganamos nuevos medios para estimar los tiempos de divergencia y el tamaño de la población en múltiples especies. Al final del capítulo, abordamos brevemente los desafíos del uso de árboles para modelar eventos de recombinación y resumimos el trabajo reciente en el campo junto con las fronteras abiertas a la exploración.