31.5: ¿Qué hemos aprendido?

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En resumen, la variación más causal para enfermedades poligénicas complejas que hemos descubierto hasta ahora es la no codificación. Además, las diferencias fenotípicas entre especies no se explican bien por la variación codificante, mientras que la expresión génica es altamente heredable entre generaciones. Así, se propone que el control genético de los niveles de expresión es un factor crucial para determinar la varianza fenotípica.

Los EQTLs son loci variantes de SNP que se correlacionan con los niveles de expresión génica. Vienen en una de dos formas. Los cis-EQTLs son sitios cuyos loci se mapean cerca de los genes afectados, son relativamente fáciles de detectar debido a su proximidad, y generalmente tienen claros mecanismos de acción. Los trans-EQTLS mapean a áreas distanciadas del genoma, son más difíciles de detectar y sus mecanismos no son tan directos.

Los estudios de eQTL combinan un enfoque de genoma completo similar a GWAS con un ensayo de expresión, ya sea microarray o RNA-seq. Los niveles de expresión de cada gen se correlacionan por regresión lineal con genotipos después de usar PCA para extraer factores de confusión. Determinar los parámetros óptimos para MAF, radio de búsqueda y normalización de confusores es una pregunta de investigación abierta. Las aplicaciones de los EQTLs incluyen la identificación de variantes asociadas a enfermedades así como variantes asociadas a subespecies poblacionales y la varianza genética y ambiental que da lugar a rasgos complejos,