11.S: Ajuste de Modelos de Nacimiento-Muerte (Resumen)
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En este capítulo describí cómo estimar parámetros a partir de modelos de nacimiento-muerte usando datos sobre diversidad de especies y edades, y cómo usar patrones de equilibrio de árboles para probar hipótesis sobre cambios en las tasas de nacimiento y mortalidad. También describí cómo calcular la probabilidad de modelos de nacimiento-muerte en árboles, lo que lleva directamente a métodos ML y bayesianos para estimar las tasas de nacimiento y mortalidad. En el siguiente capítulo, exploraremos elaboraciones sobre modelos de nacimiento-muerte, y discutiremos modelos que van más allá de los modelos de nacimiento-muerte de tasas constantes para analizar la diversidad de la vida en la Tierra.
Referencias
Blum, M. G. B., y O. François. 2006. ¿Qué procesos aleatorios describen el árbol de la vida? Un estudio a gran escala del desequilibrio filogenético de los árboles. Syst. Biol. 55:685 —691.
Blum, M. G. B., O. François, y S. Janson. 2006. La media, varianza y distribución limitante de dos estadísticas sensibles al equilibrio filogenético de los árboles. Ann. Appl. Probab. 16:2195 —2214. Instituto de Estadística Matemática.
Bortolussi, N., E. Durand, M. Blum, y O. François. 2006. AptreeShape: Análisis estadístico de la forma filogenética del árbol. Bioinformática 22:363 —364.
Coyne, J. A., y H. A. Orr. 2004. Especiación. Sinauer, Nueva York.
Drummond, C. S., R. J. Eastwood, S. T. S. Miotto, y C. E. Hughes. 2012. Radiaciones continentales múltiples y correlatos de diversificación en Lupinus (Leguminosae): Pruebas de innovación clave con muestreo taxónico incompleto. Syst. Biol. 61:443 —460. academic.oup.com.
FitzJohn, R. G., W. P. Maddison, y S. P. Otto. 2009. Estimación de las tasas de especiación y extinción dependientes de rasgos a partir de filogenias incompletamente resueltas. Syst. Biol. 58:595 —611. sysbio.oxfordjournals.org.
Gould, S. J., D. M. Raup, J. J. Sepkoski, T. J. M. Schopf, y D. S. Simberloff. 1977. La forma de la evolución: Una comparación de clados reales y aleatorios. Paleobiología 3:23 —40. Prensa de la Universidad de Cambridge.
Harding, E. F. 1971. Las probabilidades de las formas arbóreas enraizadas generadas por bifurcación aleatoria. Adv. Appl. Probab. 3:44 —77. Prensa de la Universidad de Cambridge.
Hedges, B. S., y S. Kumar. 2009. El horario de la vida. Prensa de la Universidad de Oxford, Oxford.
Höhna, S. 2014. Inferencia de verosimilitud de tasas de diversificación no constantes con muestreo taxónico incompleto. PLoS One 9:e84184.
Höhna, S., M. R. May, y B. R. Moore. 2016. TESS: Un paquete R para simular eficientemente árboles filogenéticos y realizar inferencia bayesiana de las tasas de diversificación del linaje. Bioinformática 32:789 —791.
Höhna, S., T. Stadler, F. Ronquist, y T. Britton. 2011. Inferir las tasas de especiación y extinción bajo diferentes esquemas de muestreo. Mol. Biol. Evol. 28:2577 —2589.
Hughes, C., y R. Eastwood. 2006. Radiación isleña a escala continental: Tasas excepcionales de diversificación de plantas después del levantamiento de los Andes. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 103:10334 —10339.
Hutter, C. R., S. M. Lambert, y J. J. Wiens. 2017. La rápida diversificación y el tiempo explican la riqueza de anfibios a diferentes escalas en los Andes tropicales, el punto de acceso más biodiverso de la Tierra. Am. Nat. 190:828 —843.
Maddison, W. P., P. E. Midford, S. P. Otto, y T. Oakley. 2007. Estimar el efecto de un personaje binario sobre la especiación y extinción. Syst. Biol. 56:701 —710. Prensa de la Universidad de Oxford.
Madriñán, S., A. J. Cortés, y J. E. Richardson. 2013. Páramo es el punto de acceso de biodiversidad más fresco y de evolución más rápida del mundo. Frente. Genet. 4:192.
Magallon, S., y M. J. Sanderson. 2001. Tasas de diversificación absoluta en clados de angiosperma. Evolución 55:1762 —1780.
McConway, K. J., y H. J. Sims. 2004. Un método basado en la probabilidad para probar la variación no estocástica de las tasas de diversificación en filogenias. Evolución 58:12 —23.
Miller, E. C., y J. J. Wiens. 2017. La extinción y el tiempo ayudan a impulsar el gradiente de biodiversidad marino-terrestre: ¿Es el océano una trampa mortal? Ecol. Lett. 20:911 —921.
Mooers, A. O., y S. B. Oído. 1997. Inferir proceso evolutivo a partir de la forma del árbol filogenético. P. Rev. Biol. 72:31 —54.
Mora, C., D. P. Tittensor, S. Adl, A. G. B. Simpson, y B. Worm. 2011. ¿Cuántas especies hay en la tierra y en el océano? PLoS Biol. 9:e1001127. Biblioteca Pública de Ciencias.
Morlon, H., T. L. Parsons, y J. B. Plotkin. 2011. Conciliar filogenias moleculares con el registro fósil. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 108:16327 —16332. Academia Nacional de Ciencias.
Nee, S. 2006. Modelos de nacimiento-muerte en macroevolución. Annú. Rev. Ecol. Évol. Syst. 37:1 —17. Revisiones Anuales.
Nee, S., R. M. May, y P. H. Harvey. 1994. El proceso evolutivo reconstruido. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 344:305 —311.
Paradis, E. 2012. Cambio en la diversificación en las comparaciones entre clados hermanas: Una prueba más poderosa. Evolución 66:288 —295. Biblioteca en línea de Wiley.
Rabosky, D. L., S. C. Donnellan, A. L. Talaba, e I. J. Lovette. 2007. Excepcional variación entre linajes en las tasas de diversificación durante la radiación del clado vertebrado más diverso de Australia. Proc. Biol. Sci. 274:2915 —2923.
Raup, D. M. 1985. Modelos matemáticos de cladogénesis. Paleobiología 11:42 —52.
Raup, D. M., y S. J. Gould. 1974. Simulación estocástica y evolución de la morfología: Hacia una paleontología nomotética. Syst. Biol. 23:305 —322. Prensa de la Universidad de Oxford.
Raup, D. M., S. J. Gould, T. J. M. Schopf, y D. S. Simberloff. 1973. Modelos estocásticos de filogenia y evolución de la diversidad. J. Geol. 81:525 —542.
Rohatgi, V. K. 1976. Introducción a la teoría de la probabilidad y a la estadística matemática. Wiley.
Slowinski, J. B., y C. Guyer. 1993. Probar si ciertos rasgos han causado diversificación amplificada: Un método mejorado basado en un modelo de especiación y extinción aleatorias. Am. Nat. 142:1019 —1024.
Stadler, T. 2013a. ¿Cómo podemos mejorar la precisión de las estimaciones de tasas macroevolutivas? Syst. Biol. 62:321 —329.
Stadler, T. 2013b. Recuperación de la dinámica de especiación y extinción basada en filogenias. J. Evol. Biol. 26:1203 —1219.
Stadler, T., y J. Smrckova. 2016. Estimar los cambios en las tasas de diversificación con base en filogenias de nivel superior. Biol. Let. 12:20160273. La Real Sociedad.
Strathmann, R. R., y M. Slatkin. 1983. La improbabilidad de filos animales con pocas especies. Paleobiología. cambridge.org.
Vamosi, S. M., y J. C. Vamosi. 2005. Pruebas interminables: Guías para el análisis de comparaciones de grupos hermanas no anidados. Évol. Ecol. Res. 7:567 —579. Ecología Evolutiva, Ltd.
Yule, G. U. 1925. Una teoría matemática de la evolución, basada en las conclusiones del dr. J. C. Willis, FRS. Philos. Trans. R. Soc. Lond. B Biol. Sci. 213:21 —87. La Real Sociedad.