6.6: Etiquetas de Secuencia Expresada
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Solo un porcentaje muy pequeño (1.2% en humanos) del ADN en los genomas de vertebrados codifica proteínas (el “proteoma”) porque los exones de la mayoría de los genes están separados por intrones mucho más largos entre nuestros genes se encuentran grandes cantidades de ADN, gran parte del cual parece regular la expresión de nuestros genes pero no se transcribe y traducido a un producto proteico. Entonces, incluso cuando se conoce la secuencia completa de un genoma, a menudo es difícil detectar genes particulares (marcos de lectura abiertos u ORF).
Un enfoque para resolver el problema es examinar un transcriptoma del organismo. Más comúnmente esto se define como: Todas las moléculas de ARN mensajero (ARNm) transcritas del genoma. Es “un” transcriptoma, no “el” transcriptoma, porque lo que los genes se transcriben en una célula depende del tipo de célula (e.g., célula hepática vs. linfocito) y lo que la célula esté haciendo en ese momento, e.g.,
- preparándose para dividir por mitosis;
- responder a la llegada de una hormona o citocina;
- preparándose para secretar un producto proteico.
Etiquetas de Secuencia Expresada (EST)
Las EST son secuencias de ADN cortas (200-500 nucleótidos) que pueden usarse para identificar un gen que se expresa en una célula en un momento determinado.
El Procedimiento:
- Aislar el ARN mensajero (ARNm) de un tejido particular (por ejemplo, hígado)
- Trátelo con transcriptasa inversa. La transcriptasa inversa es una ADN polimerasa que utiliza ARN como molde. De esta manera es capaz de hacer que la información genética fluya a la inversa (RNA ->DNA) de su dirección normal (DNA -> RNA).
- Esto produce ADN complementario (ADNc). Obsérvese que el ADNc difiere del gen normal en carecer de las secuencias de intrones.
- Secuencia 200-500 nucleótidos en los extremos 5' y 3' de cada ADNc.
- Examinar la base de datos del genoma del organismo para encontrar una secuencia coincidente.