14.6: Cuantificación

Última actualización
Guardar como PDF

Page ID: 54978

\( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)\(\newcommand{\AA}{\unicode[.8,0]{x212B}}\)

El objetivo de la etapa de cuantificación es puntuar regiones en el genoma en función del número de lecturas. Recordemos que cada transcripción está fragmentada en muchas lecturas más pequeñas. Por lo tanto, es insuficiente simplemente contar el número de lecturas por región, ya que este valor estaría influenciado por (1) las tasas de expresión y (2) la longitud de la transcripción. Cuanto mayor sea la tasa de expresión de una transcripción, más lecturas tendremos para ello. De igual manera, cuanto más larga sea una transcripción, más lecturas tendremos. Este problema se puede resolver normalizando el número de lecturas por la longitud de la transcripción y el número total de lecturas en el experimento. Esto proporciona el valor RPGM, o lecturas por kilobase de secuencia exónica por millón de lecturas mapeadas.

Este método es robusto para genes con una sola isoforma. Sin embargo, existe la posibilidad de solapamiento entre variantes conflictivas de una transcripción. Cuando están involucradas múltiples variantes de transcripción, este problema se conoce como análisis de expresión diferencial. Existen algunos métodos diferentes para manejar esta complejidad. El modelo de intersección de exones puntúa solo los exones constituyentes. El modelo de unión de exones simplemente puntúa basándose en una transcripción fusionada, pero puede sesgarse fácilmente en función de las proporciones relativas de cada isoforma. Un modelo más completo es el modelo de expresión de transcripción, que asigna lecturas únicas a diferentes isoformas.