22.6: Arquitectura de la Organización del Genoma

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Múltiples tipos de células influyen en la determinación de la arquitectura

Las células madre embrionarias (ESC), las células progenitoras neurales (NPC) y los astrocitos (AC) son todos tipos de células isogénicas (todas comienzan como células madre embrionarias). Las células madre embrionarias se dividen constantemente y son completamente indiferenciadas; generan las células progenitoras neurales, que aún se dividen pero menos, y solo se diferencian a mitad de camino. Las células progenitoras neurales generan entonces los astrocitos completamente diferenciados. Se descubrió que durante este proceso de diferenciación, algunas áreas pasaron de ser Dominios Asociados a Lámina a ser dominios interiores. En las células madre embrionarias, hay muy poca transcripción. Sin embargo, la transcripción sube a medida que las células se diferencian cada vez más. Esto coincide con la localización de los dominios de estar asociados principalmente con la lámina (y por lo tanto no expresados) a ser localizados en el interior. Aunque cada uno de estos tipos de células tiene propiedades muy diferentes, un mapa DaMID muestra un alto nivel de similitud entre las tres células isogénicas, así como una célula de fibroblastos independiente. Se emplearon Modelos Ocultos de Markov para identificar los Dominios Asociados a Lamina entre las células. Se encontró una arquitectura cromosómica central con aproximadamente 70% del cromosoma constitutivo (CLAD/ CilAD) y 30% del cromosoma facultativo (FlaD).

Comparación entre especies de asociaciones de láminas

Para determinar las asociaciones de láminas entre especies, se utilizó un ratón y un ser humano. Se construyó una alineación amplia del genoma entre un ratón y un ser humano. Para cada región genómica en el ratón, la mejor región recíproca se emparejó en el ser humano. Luego se volvió a mapear el genoma humano, y se utilizó para reconstruir un genoma de ratón. Los datos de DAMID se proyectaron en este mapa y hubo 83% de concordancia entre los dos genomas (91% para las regiones constitutivas; 67% para las regiones facultativas).

Figura 22.12: Una arquitectura cromosómica central es evidente. Alrededor del 70% de las regiones son constitutivas (CLAD/- CilAD) y el 30% de las regiones son facultativas (FLaD). Prensa de Laboratorio Cold Spring Harbor. Todos los derechos reservados. Este contenido está excluido de nuestra licencia Creative Commons. Para obtener más información, consulte http://ocw.mit.edu/help/faq-fair-use/. Fuente: Meuleman, Wouter, et al. “Las interacciones constitutivas de lámina-genoma Nuclear están altamente conservadas y asociadas con una secuencia rica en A/T”. *Genome Research* 23, núm. 2 (2013): 270-80.

Regla de contenido A-T

Se ha encontrado que el contenido de A-T es un fuerte predictor para la asociación de láminas dentro de la arquitectura del núcleo. El soporte adicional para esta predicción es que la estructura LAD que conforma la arquitectura del núcleo es similar a una estructura isocórica (una gran región uniforme de ADN).

Figura 22.13: Las regiones AT son indicadores para regiones constitutivas
Prensa de Laboratorio Cold Spring Harbor. Todos los derechos reservados. Este contenido está excluido de nuestro Creativo

Licencia Commons. Para obtener más información, consulte http://ocw.mit.edu/help/faq-fair-use/.

Fuente: Meuleman, Wouter, et al. “Las interacciones constitutivas de lámina nucleares-genoma están altamente conservadas

y Asociado con una Secuencia rica en A/T”. *Genoma Reserach* 23, núm. 2 (2013): 270-80.