22.7: Comprensión mecanicista de la arquitectura del genoma

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La organización de los cromosomas, particularmente en relación espacial con otras partes del cromosoma, no se entiende bien durante el proceso mitótico. Se cree que la conformación de las células se ajusta a dos estados dierentes. Las conformaciones altamente compartimentadas y específicas de tipo celular están casi completamente limitadas a la interfase. Durante la transición a la metafase, los cromosomas entran en un locus y un estado de plegamiento independiente del tejido.

Durante el proceso mitótico, aproximadamente 30% de los LAD se colocan a lo largo de la periferia celular. Este posicionamiento, sin embargo, refleja el contacto proteína-lámina a intervalos intermitentes, sin embargo, las células están restringidas a la periferia de las células. Durante la división mitótica, este posicionamiento laminar es heredado estocásticamente por las células infantiles.

Figura 22.14: LADs a través del ciclo celular (único) (Kind et al, Cell 2013)
Cortesía de Elsevier, Incorporar, Usado con permiso.

Fuente: Kind, Jop, et al. “Dinámica unicelular del Genoma nuclear

Interacciones Lámina.” *Célula* 153, núm. 1 (2013): 178-92

Modelado

El modelado tridimensional será cada vez más importante en la comprensión de las interacciones cromosómicas. Las técnicas actuales han modelado el genoma de levadura y el locus de la globina (Duan et al. Nature (2010), Bau et al. Naturaleza SMB (2011)). A partir de modelar studeis ha quedado claro que no podemos generar una relación directa entre la probabilidad de contacto y la distancia espacial (¡es decir, probabilidad de contacto! = distancia espacial).

Modelar, sin embargo, es un problema inverso, es más difícil ir en un sentido que en otro. Específicamente, es más fácil pasar de la estructura proteica a un mapa de contacto proteico que viceversa. De igual manera, la estructura cromosómica es un problema duro, aunque tengamos un mapeo de contacto.

Figura 22.15: Extrusión en bucle como mecanismo de orientación cromosómica