10.6: R, ADN y evolución
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En biología, la mayoría de las investigaciones están ahora relacionadas con estudios filogenéticos basados en ADN. R es consciente de estos métodos, y uno de los ejemplos (aunque morfológicos) se presentó anteriormente. La investigación de filogenia del ADN incluye numerosos pasos, y el poder de scripting de R podría usarse para automatizar procedimientos uniéndolos en una especie de flujo de trabajo que llamamos Ripeline.
Los suplementos de libros contienen la carpeta archivada ripeline.zip que incluye scripts R y datos que ilustran el trabajo con la base de datos tabular de ADN, operaciones FASTA, alineación de ADN, eliminación de flancos, gapcoding, concatenación y ejemplos de cómo usar estimadores de árboles internos y externos.