20.1: Modelos para Simulación de Plegado
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Nuestro estudio del mecanismo de plegado y la relación mecánica estadística entre estructura y estabilidad se han guiado por modelos. De estos, los modelos reduccionistas simples guiaron el desarrollo conceptual desde el lado de la mecánica estadística, ya que las simulaciones de átomos completos fueron inicialmente intratables. Nos centraremos en los modelos simples. 
- Reduccionista Mod
- Modelos de celosía
- Gō Modelos
- Grano Grueso
- Atomístico
- Campos de fuerza
HP Modelo 1
- Cadena de cuentas. Caminata autoevitable sobre celosía cuadrada.
- 2 tipos de perlas: Hidrofóbicas (H) y polares (P).
- Los contactos H-H son energéticamente favorables a los contactos H-P. más H\( \rightarrow \) colapsan al estado compacto, pero muchas estructuras colapsadas más P\(\rightarrow\) bien solvatadas, no se pliega ~ 1:1 H:P óptimo
- Se puede utilizar para mecanismo de plegado usando Monte Carlo.
Modelos de grano grueso 2
Jerarquía de varios modelos que reducen la estructura proteica a un conjunto de perlas que interactúan.
Gō Modelos 3
Los modelos Gō y los modelos similares a Gōse refieren a una clase de modelos de grano grueso en los que la formación de la estructura es impulsada por un potencial de interacción minimalista que conduce al sistema a su estructura nativa. Se debe conocer el estado plegado
- Grano grueso
- Original: una cuenta por AA
- “Modelo fuera de celosía”
- Potencial de sesgo de estado nativo
- Múltiples fuerzas en un solo potencial de interacción
- Necesidad de conocer la estructura plegada
- Mayor velocidad de simulación
- No funciona bien a los intermedios metaestables o a los contactos no nativos
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- K. F. Lau y K. A. Dill, Un modelo de mecánica estadística reticular de los espacios conformacionales y de secuencia de proteínas, Macromoléculas 22, 3986-3997 (1989).
- V. Tozzini, Modelos de grano grueso para proteínas, Curr. Opin. Struct. Biol. 15, 144-150 (2005).
- Y. Ueda, H. Taketomi y N. Gō, Estudios sobre plegamiento, despliegue y fluctuaciones de proteínas por simulación por computadora. II. A. Modelo reticular tridimensional de lisozima, Biopolymers 17, 1531-1548 (1978).