20.2: Perspectivas sobre la dinámica de plegamiento de proteínas
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Estos modelos han ayudado a impulsar desarrollos teóricos que proporcionan perspectivas alternativas sobre cómo se pliegan las proteínas:
Perspectiva del Estado
- Intercambio entre estados con configuraciones definidas
- ¿Cuáles son los estados, barreras y coordenadas de reacción?
Perspectiva estadística
- Cambio en las variables globales
- Entropía configuracional
Redes
- Caracterizar la variación conformacional y la red de conectividad entre ellos.
| Reimpreso con permiso de V. A. Voelz, G. R. Bowman, K. Beauchamp y V. S. Pande, J. Am. Chem. Soc. 132, 1526-1528 (2010). Derechos de autor 2010 Sociedad Americana de Química. | Reimpreso con permiso de C. R. Baiz, Y.-S. Lin, C. S. Peng, K. A. Beauchamp, V. A. Voelz, V. S. Pande y A. Tokmakoff, Biophys. J. 106, 1359-1370 (2014). Copyright Elsevier 2014. |
La perspectiva estadística es importante. Las formas estándar de hablar del plegamiento son en términos de procesos activados, en los que describimos estados que tienen estructuras definidas, y que intercambian barreras a lo largo de una coordenada de reacción. Y el énfasis está en interpretar molecularmente estos estados. No hay nada formalmente malo en eso excepto que es una forma insatisfactora de tratar los problemas donde se tienen barreras entrópicas.
Embudos Plegables y Entropía Configuracional
Ayuda con las barreras entrópicas 1
Reimpreso con permiso de K. A. Dill, Protein Sci. 8, 1166-1180 (1999). John Wiley e Hijos 1999.
Estado de transición vs cinética de conjunto
Reimpreso con permiso de K. A. Dill, Protein Sci. 8, 1166-1180 (1999). John Wiley e Hijos 1999.
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- K. A. Eneldo, Principios poliméricos y plegamiento de proteínas, Protein Sci. 8, 1166-1180 (1999).