24.2: Técnicas Experimentales

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El proyecto ENCODE utilizó una amplia gama de técnicas experimentales, que van desde RNA-seq, Cage-seq, Exon Arrays, Maine-seq, Chromatin Chip-seq, DNase-seq y muchas más.

Figura 24.1: Instantánea de la matriz experimental del proyecto ENCODE.

Proyecto ENCODE. Todos los derechos reservados. Este contenido está excluido de nuestro Creativo

Licencia Commons. Para obtener más información, consulte http://ocw.mit.edu/help/faq-fair-use/.

Una de las técnicas más importantes utilizadas fue Chip-seq (inmunoprecipitación de cromatina seguida de secuenciación). El primer paso en un experimento ChIP es apuntar a fragmentos de ADN asociados con una proteína específica. Esto se hace mediante el uso de un anti-cuerpo que se dirige a la proteína específica y se utiliza para inmunoprecipitar el complejo ADN-proteína. El paso final es ensayar el ADN. Esto determinará las secuencias unidas a las proteínas.

Chip-seq tiene varias ventajas sobre las técnicas anteriores (por ejemplo, Chip-chip). Por ejemplo, Chip-seq tiene resolución de un solo nucleótido y su alineabilidad aumenta con la longitud de lectura. Sin embargo, Chip-seq tiene varias desventajas. Los errores de secuenciación tienden a aumentar sustancialmente cerca del final de las lecturas. Además, con un bajo número de lecturas, la sensibilidad y especificidad tienden a disminuir al detectar regiones enriquecidas. Ambos problemas surgen al procesar los datos y muchas de las técnicas computacionales buscan rectificarlo.

Figura 24.2: Visión general de Chip-seq [3]

Cortesía de Macmillan Publishers Limited. Usado con permiso.

Fuente: Park, Peter J. “Chip-seq: Ventajas y Desafíos de una

Tecnología de Madurado”. *Nature Reviews Genetics* 10, núm. 10 (2009): 669-80