12.S: Más allá de los modelos de nacimiento-muerte (Resumen)

Última actualización
Guardar como PDF

Page ID: 54388

\( \newcommand{\vecs}[1]{\overset { \scriptstyle \rightharpoonup} {\mathbf{#1}} } \) \( \newcommand{\vecd}[1]{\overset{-\!-\!\rightharpoonup}{\vphantom{a}\smash {#1}}} \)\(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \(\newcommand{\id}{\mathrm{id}}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\) \( \newcommand{\kernel}{\mathrm{null}\,}\) \( \newcommand{\range}{\mathrm{range}\,}\) \( \newcommand{\RealPart}{\mathrm{Re}}\) \( \newcommand{\ImaginaryPart}{\mathrm{Im}}\) \( \newcommand{\Argument}{\mathrm{Arg}}\) \( \newcommand{\norm}[1]{\| #1 \|}\) \( \newcommand{\inner}[2]{\langle #1, #2 \rangle}\) \( \newcommand{\Span}{\mathrm{span}}\)\(\newcommand{\AA}{\unicode[.8,0]{x212B}}\)

En este capítulo discutí modelos que van más allá de los modelos de tasa constante de nacimiento-muerte. Podemos ajustar modelos donde la tasa de especiación varía entre clados o a través del tiempo (o ambos). En algunos casos, modelos muy diferentes predicen el mismo patrón en árboles filogenéticos, lo que justifica cierta precaución hasta que se puedan incorporar datos fósiles directos. También describí un modelo de especiación prolongada, donde la especiación tarda algún tiempo en completarse. Este último modelo está potencialmente mejor conectado con modelos microevolutivos de especiación, y podría apuntar hacia direcciones fructíferas para el campo. Sabemos que los modelos simples de nacimiento-muerte no capturan la riqueza de especiación y extinción a través del árbol de la vida, por lo que estos modelos que van más allá del nacimiento y la muerte son críticos para el crecimiento de métodos comparativos.

Notas al pie

1: Aunque este enfoque requiere topología, Morlon et al. (2011) muestran que su probabilidad es equivalente a otros enfoques, como Nee y Maddison, que se basan únicamente en tiempos de ramificación e ignoran completamente la topología. Esto se debe a que los árboles con el mismo conjunto de tiempos de ramificación pero diferentes topologías tienen idénticas probabilidades bajo este modelo.

volver al texto principal

Referencias

Alfaro, M. E., F. Santini, C. Brock, H. Alamillo, A. Dornburg, D. L. Rabosky, G. Carnevale, y L. J. Harmon. 2009. Nueve radiaciones excepcionales más alta rotación explican la diversidad de especies en vertebrados maxilares. Actas de la Academia Nacional de Ciencias 106:13410 —13414. Ciencias Nacionales del Acad.

Benton, M. J. 2009. La reina roja y el bufón de la corte: La diversidad de especies y el papel de los factores bióticos y abióticos a través del tiempo. Ciencia 323:728 —732.

Brock, C. D., L. J. Harmon, y M. E. Alfaro. 2011. Pruebas de variación temporal en las tasas de diversificación cuando el muestreo es incompleto y no aleatorio. Syst. Biol. 60:410 —419. Prensa de la Universidad de Oxford.

Coyne, J. A., y H. A. Orr. 2004. Especiación. Sinauer, Nueva York.

Cusimano, N., y S. S. Renner. 2010. Las desaceleraciones en las tasas de diversificación de las filogenias reales pueden no ser reales. Syst. Biol. 59:458 —464.

De Queiroz, K. 2005. Ernst Mayr y el concepto moderno de especies. Actas de la Academia Nacional de Ciencias 102:6600 —6607. Ciencias Nacionales del Acad.

Emerson, B. C., y N. Kolm. 2005. La diversidad de especies puede impulsar la especiación. Naturaleza 434:1015 —1017.

Etienne, R. S., y B. Haegeman. 2012. Un marco conceptual y estadístico para radiaciones adaptativas con un papel clave para la dependencia de la diversidad. Am. Nat. 180:E75—89.

Etienne, R. S., y J. Rosindell. 2012. Prolongar el pasado contrarresta la atracción del presente: La especiación prolongada puede explicar las ralentizaciones observadas en la diversificación. Syst. Biol. 61:204 —213.

Etienne, R. S., B. Haegeman, T. Stadler, T. Aze, P. N. Pearson, A. Purvis, y A. B. Phillimore. 2012. La dependencia de la diversidad acerca las filogenias moleculares a un acuerdo con el registro fósil. Proc. Biol. Sci. 279:1300 —1309.

Etienne, R. S., A. L. Pigot, y A. B. Phillimore. 2016. ¿Qué tan confiable podemos inferir la diversificación dependiente de la diversidad a partir de las filogenias? Métodos Ecol. Évol. 7:1092 —1099.

Höhna, S. 2014. Inferencia de verosimilitud de tasas de diversificación no constantes con muestreo taxónico incompleto. PLoS One 9:e84184.

Hughes, C., y R. Eastwood. 2006. Radiación isleña a escala continental: Tasas excepcionales de diversificación vegetal después del levantamiento de los Andes. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 103:10334 —10339.

Jetz, W., y R. A. Pyron. 2018. La interacción de la diversificación pasada y el aislamiento evolutivo con el peligro presente a través del árbol anfibio de la vida. Nat Ecol Evol 2:850 —858.

Lambert, A., H. Morlon, y R. S. Etienne. 2015. El árbol reconstruido en el modelo basado en linaje de especiación prolongada. J. Matemáticas. Biol. 70:367 —397.

Losos, J. B., y F. R. Adler. 1995. ¿Perplejo por los árboles? Un modelo nulo generalizado para patrones de diversidad organizativa. Am. Nat. 145:329 —342.

Losos, J. B., y D. Schluter. 2000. Análisis de una relación evolutiva especie-área. Naturaleza 408:847. Macmillian Magazines Ltd.

May, M. R., y B. R. Moore. 2016. ¿Qué tan bien podemos detectar los cambios de las tasas de diversificación específicas de linaje? Un estudio de simulación de métodos AIC secuenciales. Syst. Biol. 65:1076 —1084.

Moen, D., y H. Morlon. 2014. ¿Por qué se ralentiza la diversificación? Tendencias Ecol. Évol. 29:190 —197.

Moore, B. R., S. Höhna, M. R. May, B. Rannala, y J. P. Huelsenbeck. 2016. Evaluar críticamente la teoría y el desempeño del análisis bayesiano de mezclas macroevolutivas. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 113:9569 —9574.

Morlon, H., T. L. Parsons, y J. B. Plotkin. 2011. Conciliar filogenias moleculares con el registro fósil. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 108:16327 —16332. Academia Nacional de Ciencias.

Phillimore, A. B., y T. D. Precio. 2008. Cladogénesis dependiente de la densidad en aves. PLoS Biol. 6:e71.

Pybus, O. G., y P. H. Harvey. 2000. Prueba de modelos macroevolutivos utilizando filogenias moleculares incompletas. Proc. Biol. Sci. 267:2267 —2272.

Rabosky, D. L. 2014. Detección automática de innovaciones clave, cambios de tasa y dependencia de la diversidad en árboles filogenéticos. PLoS One 9:e89543. Biblioteca Pública de Ciencias.

Rabosky, D. L. 2013. Diversidad-dependencia, especiación ecológica y el papel de la competencia en la macroevolución. Annú. Rev. Ecol. Évol. Syst. 44:481 —502. annualreviews.org.

Rabosky, D. L. 2017. Cómo hacer “fallar” cualquier método: BAMM en la corte de canguro de falsa equivalencia.

Rabosky, D. L., y A. H. Hullbert. 2015. La riqueza de especies a escala continental está dominada por los límites ecológicos. Am. Nat. 185:572 —583.

Rabosky, D. L., e I. J. Lovette. 2008. Diversificación dependiente de la densidad en currucas de madera de América del Norte. Proc. Biol. Sci. 275:2363 —2371.

Rabosky, D. L., S. C. Donnellan, A. L. Talaba, e I. J. Lovette. 2007. Excepcional variación entre linajes en las tasas de diversificación durante la radiación del clado vertebrado más diverso de Australia. Proc. Biol. Sci. 274:2915 —2923.

Roelants, K., D. J. Gower, M. Wilkinson, y otros. 2007. Patrones globales de diversificación en la historia de los anfibios modernos. Actas de la. Ciencias Nacionales del Acad.

Rosindell, J., S. J. Cornell, S. P. Hubbell, y R. S. Etienne. 2010. Especiación prolongada revitaliza la teoría neutra de la biodiversidad. Ecol. Let. 13:716 —727.

Schluter, D. 2000. La ecología de la radiación adaptativa. Prensa de la Universidad de Oxford, Oxford.

Sepkoski, J. J. 1984. Un modelo cinético de diversidad taxonómica fanerozoica. III. Familias pospaleozoicas y extinciones masivas. Paleobiología 10:246 —267.

Slater, G. J., y L. J. Harmon. 2013. Unificación de fósiles y filogenias para análisis comparativos de diversificación y evolución de rasgos. Métodos Ecol. Evol. 4:699 —702. Biblioteca en línea de Wiley.

Sukumaran, J., y L. Lacey Knowles. 2017. El coalescente multiespecie delimita la estructura, no a las especies. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 114:1607 —1612. Academia Nacional de Ciencias.