8.5: Enzimas de restricción
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El ADN puede cortarse mediante endonucleasas de restricción (RE). Las endonucleasas son enzimas que pueden hidrolizar el polímero de ácido nucleico rompiendo el enlace fosfodiéster entre el fosfato y la pentosa en la cadena principal del ácido nucleico. Se trata de un enlace covalente muy fuerte mientras que los enlaces de hidrógeno más débiles mantienen sus interacciones y doble encallamiento.
Como su nombre lo indica, las endonucleasas de restricción (o enzimas de restricción) están “restringidas” en su capacidad para cortar o digerir ADN. La restricción que es útil para los biólogos suele ser secuencias de ADN palindrómico. Las secuencias palindrómicas son la misma secuencia hacia adelante y hacia atrás. Algunos ejemplos de palíndromos: CARRERA, CIVIC, UN HOMBRE UN PLAN A CANAL PANAMA. Con respecto al ADN, hay 2 hebras que corren antiparalelas entre sí. Por lo tanto, el complemento inverso de una hebra es idéntico a la otra. Los biólogos moleculares también tienden a utilizar estas tijeras moleculares especiales que reconocen palíndromes de 6 u 8. Al usar 6 cortadores u 8 cortadores, las secuencias ocurren a lo largo de grandes tramos raramente, pero a menudo lo suficientemente como para ser de utilidad.
Las enzimas de restricción hidrolizan enlaces fosfodiéster covalentes del ADN para dejar extremos “adherentes/cohesivos” o extremos “romos”. Esta distinción en el corte es importante porque un extremo pegajoso EcoRI se puede usar para emparejar un trozo de ADN cortado con la misma enzima para pegarlos o ligarlos nuevamente. Mientras que las endonucleasas cortan el ADN, las ligasas las unen de nuevo. El ADN digerido con EcoRI puede ligarse de nuevo junto con otro trozo de ADN digerido con EcoRI, pero no a un trozo digerido con SmaI. Otro cortador romo es EcoRV con una secuencia de reconocimiento de GAT | ATC.
EcoRI genera pegajoso de extremos cohesivos SmaI genera extremos romos